WIKI KDM - Wkład użytkownika [pl]

Instalacja Conda z poziomu użytkownika

2024-07-18T10:55:15Z

Bolen: Dodano definicje katlogów tymczasowych $TMP ...

===Kroki instalacji Miniconda3 na klastrze obliczeniowym:===

==Uruchomienie trybu interaktywnego==
Polecenie srun --pty /bin/bash uruchamia sesję interaktywną na węźle obliczeniowym klastra. <br>Dzięki temu możemy wykonywać polecenia bezpośrednio na węźle.

<pre>
srun --pty /bin/bash
</pre>

==Skopiowanie skryptu instalacyjnego i dostosowanie numeru grantu==
W skrypcie poniżej zastąp <b>pl0000-01</b> swoim numerem grantu, co pozwoli na zapisanie oprogramowania w odpowiednim katalogu.

<pre>
# Numer grantu, zastąp "pl0000-01" swoim numerem
GRANT_ID="pl0000-01"

# Katalogi tymczasowe :
export TMP=$HOME/$GRANT_ID/scratch/$USER/tmp
export TMPDIR=$TMP
export TEMP=$TMP
export TEMPDIR=$TMP
mkdir -p $TMP

# Ścieżka docelowa instalacji Miniconda3
SOFT_PATH="/soft/miniconda3"

# Ścieżka rzeczywista, gdzie zostanie zainstalowane oprogramowanie
REAL_PATH=$(realpath "$HOME""$GRANT_ID""/project_data")

# Docelowy katalog instalacji Miniconda3
MINICONDA_DIR="$REAL_PATH""$SOFT_PATH"

# Tworzenie katalogu docelowego, jeśli nie istnieje
mkdir -p $MINICONDA_DIR

# Pobieranie instalatora Miniconda3
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O $MINICONDA_DIR/miniconda.sh

# Uruchomienie instalatora Miniconda3 w trybie bez interakcji (-b) i z wymuszeniem nadpisania (-u)
bash $MINICONDA_DIR/miniconda.sh -b -u -p $MINICONDA_DIR

# Usunięcie instalatora po zakończeniu instalacji
rm -rf $MINICONDA_DIR/miniconda.sh

# Inicjalizacja conda dla powłoki bash
$MINICONDA_DIR/bin/conda init bash
</pre>

==Uruchomienie skryptu instalacyjnego==
Zapisz powyższy skrypt do pliku, na przykład install_miniconda.sh, a następnie uruchom go, aby zainstalować Miniconda3.
<pre>
./install_miniconda.sh
</pre>

Singularity

2019-09-12T12:44:30Z

Bolen:

== Kontenery w środowisku HPC ==

Pakiet Singularity ( [https://singularity.lbl.gov/] , [https://sylabs.io/singularity/]) pozwala na uruchamianie kontenerów z oprogramowaniem na maszynie obliczeniowej / klastrze HPC.

Z punktu widzenia użytkownika, pozwala to na samodzielne przygotowanie środowiska aplikacyjnego (np. na własnym laptopie ) zgodnie z wymaganiami użytkownika i prowadzenie obliczeń w tym środowisku, niezależnie od oprogramowania i bibliotek zainstalowanych na maszynie obliczeniowej.

Singularity

2019-09-12T12:44:11Z

Bolen:

== Kontenery w środowisku HPC ==

Pakiet Singularity ( [https://singularity.lbl.gov/] , [https://sylabs.io/singularity/]) pozwala na uruchamianie kontenerów z oprogramowaniem na maszynie obliczeniowej / klastrze HPC.

Z punktu widzenia użytkownika, pozwala to na samodzielne przygotowanie środowiska aplikacyjnego (np. na własnym laptopie ) zgodznie z wymaganiami użytkownika i prowadzenie obliczeń w tym środowisku, niezależnie od oprogramowania i bibliotek zainstalowanych na maszynie obliczeniowej.

Singularity

2019-09-12T12:41:36Z

Bolen:

Singularity

2019-09-12T11:21:06Z

Bolen: Utworzono nową stronę " == Singularity : kontenery w środowisku HPC == Paiet Singularity pozwala na uruchamianie kontenerów z oprogramowaniem na maszynie obliczeniowej /klastrze HPC."

== Singularity : kontenery w środowisku HPC ==

Paiet Singularity pozwala na uruchamianie kontenerów z oprogramowaniem na maszynie obliczeniowej /klastrze HPC.

Podręcznik użytkownika

2019-09-12T11:19:12Z

Bolen: Dodano linka do Singularity

{{DISPLAYTITLE:Podręcznik użytkownika}}
<ul>
<li>[[Jak zostać użytkownikiem]]
<li>[[Podstawowe zagadnienia]]
<li>[[Zlecanie zadań przez system kolejkowy PBS]]
<li>[[Zlecanie zadań przez system kolejkowy SLURM]]
<li>[[Status zadania - mail]]
<li>[[Kompilacja oprogramowania]]
<li>[[Jak uruchomić Singularity]]
<li>[[Konfiguracja narzędzi Putty i Winscp]]
<li>[[Moduły]]
<li>[[Partycje / kolejki]]
<li>[[Skrypty]]
<li>[[Instalacja pakietów Pythona z poziomu użytkownika]]
<li>[https://wiki.man.poznan.pl/storage-ptpd/index.php?title=System_Archiwizacji_-_HSM System Archiwizacji - HSM]
<li>[[Oprogramowanie]]
<li>[[Singularity]]
<li>[[FAQ]]

Reef

2015-04-07T06:56:34Z

Bolen: Utworzono nową stronę "Klaster HPC maszyn x86_64 REEF."

Klaster HPC maszyn x86_64 REEF.

FAQ

2015-03-30T10:49:51Z

Bolen:

FAQ

2015-03-30T10:49:17Z

Bolen:

FAQ

2015-03-30T10:48:41Z

Bolen:

FAQ

2015-03-30T10:45:29Z

Bolen:

= Aplikacje =

== GAMESS ==

czynnosci potrzebne zeby odpalic apke
<code>
module load
call bolen etc
</code>

Odpalamy apke

<code>
gamess --pierdylion przełączników

</code>

Przykładowy skrypt odpalajacy aplikację na N corach

<code>
zaawansowane polecenia
much knowledge
wow
</code>

== Amber ==
Amber 14 dostepny jest dla wszytkich userow maszyn obliczeniowych w PCSS.

Aby "dostac" dostep do ambera trzeba :
zalaodowac moduyl

<code>
<pre>

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=2:ppn=4
#PBS -l mem=12gb
#PBS -l walltime=1:00:00

#set -x

module load amber

IN_FILE=mdin
OUT_FILE=mdout.pure_wat.log
INFO_FILE=mdinfo

tar -xzf amber.tar.gz >/dev/null
pwd
ls -alllh
which mpirun
which sander.MPI

# sander -i $IN_FILE -c inpcrd -p prmtop -o $OUT_FILE
if [ "$SANDER_RUN" == "" ]; then
echo "environment variable SANDER_RUN is not defined" > $STATUS_FILE;
cat $OUT_FILE
RESULT=$STATUS_CRITICAL
fi

mpirun sander.MPI -i $IN_FILE -c inpcrd -p prmtop -o $OUT_FILE

if (grep -q -e " 5. TIMINGS" $OUT_FILE ); then
echo
echo "last 10 lines from output file:"
tail -10 $OUT_FILE
VERSION=`grep -o "Amber [.0-9]*" $OUT_FILE|head -1`
echo "amber $VERSION processing OK" > $STATUS_FILE;
RESULT=$STATUS_OK
else
echo "amber test failed" > $STATUS_FILE;
cat $OUT_FILE
RESULT=$STATUS_CRITICAL
fi;

module purge

exit $RESULT

</pre>
</code>

'''zgodnie ze wzrocem'''

FAQ

2015-03-30T10:44:25Z

Bolen:

= Aplikacje =

== GAMESS ==

czynnosci potrzebne zeby odpalic apke
<code>
module load
call bolen etc
</code>

Odpalamy apke

<code>
gamess --pierdylion przełączników

</code>

Przykładowy skrypt odpalajacy aplikację na N corach

<code>
zaawansowane polecenia
much knowledge
wow
</code>

== Amber ==
Amber 14 dostepny jest dla wszytkich userow maszyn obliczeniowych w PCSS.

Aby "dostac" dostep do ambera trzeba :
zalaodowac moduyl

<code>
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=2:ppn=4

#PBS -l mem=12gb
#PBS -l walltime=1:00:00

#set -x

module load amber

IN_FILE=mdin
OUT_FILE=mdout.pure_wat.log
INFO_FILE=mdinfo

tar -xzf amber.tar.gz >/dev/null
pwd
ls -allah
which mpirun
which sander.MPI

# sander -i $IN_FILE -c inpcrd -p prmtop -o $OUT_FILE
if [ "$SANDER_RUN" == "" ]; then
echo "environment variable SANDER_RUN is not defined" > $STATUS_FILE;
cat $OUT_FILE
RESULT=$STATUS_CRITICAL
fi

mpirun sander.MPI -i $IN_FILE -c inpcrd -p prmtop -o $OUT_FILE

if (grep -q -e " 5. TIMINGS" $OUT_FILE ); then
echo
echo "last 10 lines from output file:"
tail -10 $OUT_FILE
VERSION=`grep -o "Amber [.0-9]*" $OUT_FILE|head -1`
echo "amber $VERSION processing OK" > $STATUS_FILE;
RESULT=$STATUS_OK
else
echo "amber test failed" > $STATUS_FILE;
cat $OUT_FILE
RESULT=$STATUS_CRITICAL
fi;

module purge

exit $RESULT

<code>

'''zgodnie ze wzrocem'''

FAQ

2015-03-30T10:42:25Z

Bolen: /* Amber */

= Aplikacje =

== GAMESS ==

czynnosci potrzebne zeby odpalic apke
<code>
module load
call bolen etc
</code>

Odpalamy apke

<code>
gamess --pierdylion przełączników

</code>

Przykładowy skrypt odpalajacy aplikację na N corach

<code>
zaawansowane polecenia
much knowledge
wow
</code>

== Amber ==
Amber 14 dostepny jest dla wszytkich userow maszyn obliczeniowych w PCSS.

Aby "dostac" dostep do ambera trzeba :
zalaodowac moduyl

<code>

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=2:ppn=4
#PBS -l mem=12gb
#PBS -l walltime=1:00:00

#set -x

module load amber

IN_FILE=mdin
OUT_FILE=mdout.pure_wat.log
INFO_FILE=mdinfo

tar -xzf amber.tar.gz >/dev/null
pwd
ls -allah
which mpirun
which sander.MPI

# sander -i $IN_FILE -c inpcrd -p prmtop -o $OUT_FILE
if [ "$SANDER_RUN" == "" ]; then
echo "environment variable SANDER_RUN is not defined" > $STATUS_FILE;
cat $OUT_FILE
RESULT=$STATUS_CRITICAL
fi

mpirun sander.MPI -i $IN_FILE -c inpcrd -p prmtop -o $OUT_FILE

if (grep -q -e " 5. TIMINGS" $OUT_FILE ); then
echo
echo "last 10 lines from output file:"
tail -10 $OUT_FILE
VERSION=`grep -o "Amber [.0-9]*" $OUT_FILE|head -1`
echo "amber $VERSION processing OK" > $STATUS_FILE;
RESULT=$STATUS_OK
else
echo "amber test failed" > $STATUS_FILE;
cat $OUT_FILE
RESULT=$STATUS_CRITICAL
fi;

module purge

exit $RESULT

<code>

'''zgodnie ze wzrocem'''

FAQ

2015-03-30T10:41:46Z

Bolen:

= Aplikacje =

== GAMESS ==

czynnosci potrzebne zeby odpalic apke
<code>
module load
call bolen etc
</code>

Odpalamy apke

<code>
gamess --pierdylion przełączników

</code>

Przykładowy skrypt odpalajacy aplikację na N corach

<code>
zaawansowane polecenia
much knowledge
wow
</code>

== Amber ==
Amber 14 dostepny jest dla wszytkich userow maszyn obliczeniowych w PCSS.

Aby "dostac" dostep do ambera trzeba :
zalaodowac moduyl

<code>
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=2:ppn=4
#PBS -l mem=12gb
#PBS -l walltime=1:00:00

#set -x

module load amber

IN_FILE=mdin
OUT_FILE=mdout.pure_wat.log
INFO_FILE=mdinfo

tar -xzf amber.tar.gz >/dev/null
pwd
ls -alllh
which mpirun
which sander.MPI

# sander -i $IN_FILE -c inpcrd -p prmtop -o $OUT_FILE
if [ "$SANDER_RUN" == "" ]; then
echo "environment variable SANDER_RUN is not defined" > $STATUS_FILE;
cat $OUT_FILE
RESULT=$STATUS_CRITICAL
fi

mpirun sander.MPI -i $IN_FILE -c inpcrd -p prmtop -o $OUT_FILE

if (grep -q -e " 5. TIMINGS" $OUT_FILE ); then
echo
echo "last 10 lines from output file:"
tail -10 $OUT_FILE
VERSION=`grep -o "Amber [.0-9]*" $OUT_FILE|head -1`
echo "amber $VERSION processing OK" > $STATUS_FILE;
RESULT=$STATUS_OK
else
echo "amber test failed" > $STATUS_FILE;
cat $OUT_FILE
RESULT=$STATUS_CRITICAL
fi;

module purge

exit $RESULT
<code>

'''zgodnie ze wzrocem'''