WIKI KDM - Wkład użytkownika [pl]

Instalacja Pythona z poziomu użytkownika

2025-01-07T13:19:01Z

Damian:

__TOC__
== ''Instalacja nowej wersji Pythona w katalogu domowym'' ==

Krok 1. Aby zainstalować nową wersję oprogramowania Python z poziomu użytkownika należy najpierw uruchomić tryb interaktywny:
<pre>
srun --pty /bin/bash
</pre> 

Krok 2. Następnie pobieramy interesującą nas wersję oprogramowania dla przykładu np. Python-3.9.0

<pre>
wget https://www.python.org/ftp/python/3.9.0/Python-3.9.0a6.tgz
</pre> 

Krkok 3: Rozpakuj paczkę
<pre>
tar -zxvf Python-3.9.0a6.tgz
</pre> 

Krok 4: Wejdź do katalogu z kodem źródłowym Pythona
<pre>
cd Python-3.9.0a6
</pre> 

Krok 5: Wykonaj configure i wybierz katalog gdzie python bedzie zainstalowany
<pre>
./configure --prefix=/home/users/${USER}/python/
</pre> 

Krok 6: Skompiluj z zainstaluj
<pre>
make
make install
</pre> 

Krok 7: Sprawdź zainstalowaną wersję
<pre>
$ /home/users/${USER}/python/bin/python3 -V
Python 3.9.0
</pre> 

WAŻNE: Odwołuj się do nowego zainstalowanego pytona w Twoich skryptach.

Upewnij się, że na górze każdego pisanego przez Ciebie skryptu znajduje się odniesienie do nowego pytona, pierwsza linia powinna wyglądać tak:
<pre>
#!/home/users/${USER}/python/bin/python3
</pre> 
== Instalacja pakietów Pythona z poziomu użytkownika ==
Aby zainstalować pakiety Pythona z poziomu użytkownika należy najpierw uruchomić tryb interaktywny:
<pre>
srun --pty /bin/bash
</pre> 
Po otrzymaniu konsoli interaktywnej ładujemy moduł Pythona:
<pre>
module load python/wersja
</pre> 
Pakiety Pythona instalujemy przy użyciu pip:
<pre>
pip install --user nazwa_pakietu
</pre> 
Pakiet zainstaluje się w katalogu domowym użytkownika:
<pre>
/home/users/nazwa_uzytkownika/.local/lib/python_wersja/site-packages/
</pre> 
Należy dodać zainstalowany pakiet do zmiennej Pythona:
<pre>
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/home/users/nazwa_uzytkownika/.local/lib/python_wersja/site-packages/
</pre> 
Ostatnim krokiem jest sprawdzanie czy można zaimportować zainstalowany pakiet uruchamiając Pythona i wykonując polecenie:
<pre>
import nazwa pakietu
</pre>

== Python - Instalacja tenserflow w katalogu domowym ==
Ponizej została przedstawiona procedura instalacji tensorflow-a w venv-ie
W ten sposób można instalować również dowelne moduły Python'a

Uruchamiamy tryb interaktywny
<pre>
srun -p fast --x11 -n1 --tasks-per-node=2 --mem=8gb --time=00:59:00 --pty /bin/bash -l
</pre> 
Ładujemy moduł Pythona np. python/3.8.8
<pre>module load python/3.8.8</pre>
 
Instalacja pakietu w venv-ie
<pre>
python3 -m venv --system-site-packages ./p388
source ./p388/bin/activate
</pre>
 
Stworzenie katalogu TMP
<pre>
export TMP=/tmp/lustre/$USER/tmp
export TEMPDIR=$TMP
mkdir -p $TMP
</pre>
 
Sprawdzenie wersji gcc
<pre>gcc -v</pre> 
Sprawdzenie pip3
<pre> which pip3 </pre>
 
Instalacja tenserflow
<pre>pip3 install tensorflow</pre> 
export PATH
<pre>export PATH=$PATH:/home/users/$USER/.local/bin</pre>
Wersja teserflow
<pre>tensorboard --version</pre>

Eagle

2021-09-23T11:51:19Z

Damian:

__NOTOC__
== ALTAIR ==

{| class="wikitable"; id="customers"
! style="font-weight: bold;" colspan=1 | '''Charakterystyka sprzętowa'''
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Eagle
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Altair
|-
|typ
|klaster PC
|klaster PC
|-class="alt"
|Architektura
|Intel Xeon E5-2697
|Intel Xeon Platinium 8268

|-
|Interfejsy sieciowe
|Infiniband FDR
|InfiniBand EDR
|-class="alt"
|Sieć połączeń wewnetrznych
|
|
|-
|Liczba rdzeni CPU
|'''32984'''
|'''63360'''
|-class="alt"
|Sumaryczna moc obliczeniowa
|'''1,3 PFLOPS'''
|'''5,9 PFLOPS'''
|-
|Wielkość pamięci systemowej
|'''120,6 TB'''
|'''300 TB'''
|-class="alt"
|Pojemność pamięci dyskowej
|
|
|}

== Węzły CPU Eagle ==

{| class="wikitable"; id="customers"
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Nazwa handlowa węzła
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Model CPU
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Liczba
węzłów
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Liczba
procesorów i rdzeni
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Ilość pamięci RAM
w węźle
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Moc obliczeniowa
węzła
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Tag klasy węzła
|-
| style="font-weight: bold;" | HUAWEI CH121 V3
| Intel Xeon E5-2697 v3
| style="text-align: center;" | 560
| style="text-align: center;" | 2x14
| style="text-align: center;" | 64 GB
| 1,1 TFLOPS
| style="text-align: center;" | intel,haswell,huawei
|-class="alt"
| style="font-weight: bold;" | HUAWEI CH121 V3
| Intel Xeon E5-2697 v3
| style="text-align: center;" | 530
| style="text-align: center;" | 2x14
| style="text-align: center;" | 128 GB
| 1,1 TFLOPS
| style="text-align: center;" | intel,haswell,huawei
|-
| style="font-weight: bold;" | HUAWEI CH121 V3
| Intel Xeon E5-2697 v3
| style="text-align: center;" | 81
| style="text-align: center;" | 2x14
| style="text-align: center;" | 256 GB
| 1,1 TFLOPS
| style="text-align: center;" | intel,haswell,huawei
|-class="alt"
| style="font-weight: bold;" | HUAWEI CH121 V4
| Intel Xeon E5-2682 v4
| style="text-align: center;" | 55
| style="text-align: center;" | 2x16
| style="text-align: center;" | 128 GB
| 1,1 TFLOPS
| style="text-align: center;" | intel,broadwell,huawei
|}

== Węzły CPU Altair==

{| class="wikitable"; id="customers"
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Nazwa handlowa węzła
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Model CPU
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Liczba
węzłów
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Liczba
procesorów i rdzeni
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Ilość pamięci RAM
w węźle
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Moc obliczeniowa
węzła
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Tag klasy węzła
|-
| style="font-weight: bold;" | HUAWEI CH121 V5
| Intel Xeon Platinium 8268
| style="text-align: center;" | 1320
| style="text-align: center;" | 2 x 24
| style="text-align: center;" | 192/384 GB
|
| style="text-align: center;" | intel, cascade

|}

== Węzły GPU Eagle==
{| class="wikitable"; id="customers"
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Nazwa handlowa węzła
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Model CPU
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Liczba
węzłów
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Liczba
procesorów i rdzeni
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Ilość pamięci RAM
w węźle
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Model GPU
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Liczba
kart graficznych w węźle
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Moc obliczeniowa węzła
GPU
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Tag klasy węzła
|-
| style="font-weight: bold;" |
| style="text-align: center;" | Xeon Gold Gold 5115
| style="text-align: center;" | 3
| style="text-align: center;" | 2x10
| style="text-align: center;" | 92 GB
| style="text-align: center;" | Nvidia V100 32GB
| style="text-align: center;" | 2
| style="text-align: center;" | 15,6 TFLOPS
| style="text-align: center;" |
|}

== Węzły GPU Altair==
{| class="wikitable"; id="customers"
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Nazwa handlowa węzła
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Model CPU
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Liczba
węzłów
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Liczba
procesorów i rdzeni
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Ilość pamięci RAM
w węźle
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Model GPU
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Liczba
kart graficznych w węźle
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Moc obliczeniowa węzła
GPU
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Tag klasy węzła
|-
| style="font-weight: bold;" |
| style="text-align: center;" |Intel Xeon 6242
| style="text-align: center;" |9
| style="text-align: center;" |2x16
| style="text-align: center;" |384 GB
| style="text-align: center;" |Nvidia V100 32GB
| style="text-align: center;" |8
| style="text-align: center;" |62,4 TFLOPS
| style="text-align: center;" |
|}

{| class="wikitable"; id="customers"
! style="font-weight: bold;" colspan=3 | '''Inne informacje'''
|-
| colspan=2 | '''System operacyjny'''
|-class="alt"
|typ
|GNU Linux
|-
|nazwa domenowa komputera
|eagle.man.poznan.pl
|-class="alt"
|system zarządzania zadaniami w trybie wsadowym
|SLURM
|}

== Kolejki ==

Uruchamianie obliczeń poprzez system SLURM odbywa się w ramach kolejek, które różnią się między sobą priorytetem, limitami czy prawami dostępu (a czasem również dostępnymi zasobami) 
Posiadamy następujące kolejki:
<center> 
{| class="wikitable"; id="customers"
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Nazwa
Kolejki
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Limit czasu
zadania
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Domyślny limit
czasu zadania
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Standardowa ilość
pamięci RAM/rdzeń
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Uwagi
|-
|-
| style="text-align: center; font-weight: bold;" | standard
| style="text-align: center;" | 7 dni
| style="text-align: center;" | 1 dzień
| style="text-align: center;" | 2 GB
| Domyślna kolejka, można uruchamiać zarówno zadania równoległe jak i sekwencyjne
|-class="alt"
| style="text-align: center; font-weight: bold;" | fast
| style="text-align: center;" | 1 godzina
| style="text-align: center;" | 10 minut
| style="text-align: center;" | -
| wysoki priorytet; maksymalna ilość węzłów 1
|-
| style="text-align: center; font-weight: bold;" | bigmem
| style="text-align: center;" | 7 dni
| style="text-align: center;" | 1 dzień
| style="text-align: center;" | 2 GB
| Kolejka/partycja przeznaczona dla zadań wymagających więcej niż 128GB per węzeł. Wysoki priorytet ale tylko 81 węzłów należy do tej partycji
|-class="alt"
| style="text-align: center; font-weight: bold;" | tesla
| style="text-align: center;" | 7 dni
| style="text-align: center;" | 1 dzień
| style="text-align: center;" | 2 GB
| Kolejka z węzłami GPU
|}
</center>

== Kolejki Altair ==
<center> 
{| class="wikitable"; id="customers"
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Nazwa
Kolejki Altair
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Limit czasu
zadania
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Domyślny limit
czasu zadania
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Standardowa ilość
pamięci RAM/rdzeń
! style="text-align: center; font-weight: bold;" | Uwagi
|-
|-
| style="text-align: center; font-weight: bold;" | altair
| style="text-align: center;" | 7 dni
| style="text-align: center;" | 1 dzień
| style="text-align: center;" | 2 GB
| Domyślna kolejka, można uruchamiać zarówno zadania równoległe jak i sekwencyjne
|
|-class="alt"
| style="text-align: center; font-weight: bold;" | altair-gpu
| style="text-align: center;" | 7 dni
| style="text-align: center;" | 1 dzień
| style="text-align: center;" | 2 GB
| Kolejka z węzłami GPU
|}
</center>

Strona główna

2020-06-02T14:02:34Z

Damian:

__NOTITLE__

<center>

{{#aktualnosci_pl:0}}

== Zasoby obliczeniowe PCSS ==
 
{| class="wikitable"
|style="text-align: center;"|[[Plik:eagle.jpg|240px|link=Eagle]]
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_processors.png

|-
|style="text-align: center;"|'''[[Eagle]]'''
|style="text-align: center;"|'''Aktywne węzły (24h)'''

|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_load.png
|style="text-align: center;"|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_monthly_load.png
|-
|style="text-align: center;"|'''Obecne obciążenie'''
|style="text-align: center;"|'''Obciążenie z ostatnich 30 dni'''
|}

Strona główna

2020-06-02T14:00:21Z

Damian:

__NOTITLE__

<center>

{{#aktualnosci_pl:0}}

== Zasoby obliczeniowe PCSS ==
 
{| class="wikitable"
|style="text-align: center;"|[[Plik:eagle.jpg|240px|link=Eagle]]
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_processors.png

|-
|style="text-align: center;"|'''[[Eagle]]'''
|style="text-align: center;"|'''24h active nodes'''

|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_load.png
|style="text-align: center;"|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_monthly_load.png
|-
|style="text-align: center;"|'''Current load'''
|style="text-align: center;"|'''Last 30-day load'''
|}

Strona główna

2020-05-29T21:58:10Z

Damian:

__NOTITLE__

<center>

{{#aktualnosci_pl:0}}

== Zasoby obliczeniowe PCSS ==
 
{| class="wikitable"
|style="text-align: center;"|[[Plik:eagle.jpg|240px|link=Eagle]]
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_processors.png

|-
|style="text-align: center;"|'''[[Eagle]]'''
|style="text-align: center;"|'''24h active nodes'''

|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_load.png
|style="text-align: center;"|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_monthly_load.png
|-
|style="text-align: center;"|'''Current load'''
|style="text-align: center;"|'''Monthly load'''
|}

Strona główna

2019-03-05T15:00:00Z

Damian:

__NOTITLE__

<center>

{{#aktualnosci_pl:0}}

== Zasoby obliczeniowe PCSS ==
 
{| class="wikitable"
|style="text-align: center;"|[[Plik:eagle.jpg|240px|link=Eagle]]
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_processors.png

|-
|style="text-align: center;"|'''[[Eagle]]'''
|style="text-align: center;"|'''24h active nodes'''

|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_monthly_load.png
|-
|style="text-align: center;"|'''Current load'''
|style="text-align: center;"|'''Monthly load'''
|}

Strona główna

2019-03-05T14:59:17Z

Damian:

__NOTITLE__

<center>
{| class="wikitable" style="width: 65%;"
! style="font-weight:bold; background-color:#01588f; color:#ffffff;" | '''Aktualności'''
|-
|-class="alt"
| style="background-color:#e9f0ff;" |

{{#aktualnosci_pl:0}}

Szanowni Użytkownicy,

W związku z pracami serwisowymi systemu chłodzenia planowana jest
przerwa w działaniu klastra obliczeniowego eagle. Prace będą trwały w
dniach 19-22 lutego. Prace rozpoczną sie 19 lutego o godzinie 8:00. Nie
planujemy blokowania możliwości zlecania zadań przed rozpoczęciem prac
niemniej o godzinie 8:00 wszystkie uruchomione zadania zostaną usunięte.
Nowe zadania nie będą uruchamiane do czasu zakończenia prac serwisowych.

W trakcie przerwy planujemy wykonać również prace serwisowe na klastrze:

- zaktualizować wersję systemu kolejkowego slurm do najnowszej wersji w
związku z czym mogą pojawić się również chwilowe przerwy w możliwości
zlecania nowych zadań.

- uporządkować pliki na systemie plików lustre. Obecnie część zadań
zakłada pliki tymczasowe w katalogu głównym (/tmp/lustre_shared) co
powoduje potencjalne problemy z nadpisywaniem plików.

Aby temu zapobiec każdemu użytkownikowi zostanie założony katalog w
lokalizacji /tmp/lustre_shared/${USER} z odpowiednimi uprawnieniami.
Zapis do innej lokalizacji niż wymieniona wyżej będzie niemożliwy.
Prosimy o uwzględnienie tej zmiany w Państwa skryptach zlecających
zadania. Dodatkowo wszystkie inne katalogi zostaną bezpowrotnie
usunięte. Natomiast istniejące katalogi o prawidłowej nazwie (nazwa
użytkownika) zostaną zachowane, zmienimy jedynie prawa dostępu tak aby
jedynie właściciel miał dostęp do danych w tym katalogu.

Dziękujemy za wyrozumiałość.

Z poważaniem
Administratorzy

----------------

Dear users,

Due to the expansion of the cooling system a break in the operation of
the eagle computing cluster is planned. The work will take place from
19-22 of February. Works
will start on February 19 at 8:00 AM. At this time all running jobs will
be deleted. New tasks will not be started until service work has been
completed. There may also be breaks from the possibility of
commissioning new jobs.

During the break we plan:

- upgrade version of the slurm queuing system to the latest one, 
- reorganize files on the lustre filesystem.

After changes the organization of the lustre filesystem will be as
follows. A new directory will be created for each user in the location
/tmp/lustre_shared/${USER} with the appropriate permissions. Writing
files to a different locations will be impossible. It is important to
remember that the submit scripts should be changed. All other
directories will be permanently deleted but existing directories with
the correct name (username) will be preserved. If directory exist we
will only change the permission to the correct one.

Thank you for your understanding.

Best Regards,
Administrators

|}

== Zasoby obliczeniowe PCSS ==
 
{| class="wikitable"
|style="text-align: center;"|[[Plik:eagle.jpg|240px|link=Eagle]]
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_processors.png

|-
|style="text-align: center;"|'''[[Eagle]]'''
|style="text-align: center;"|'''24h active nodes'''

|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_monthly_load.png
|-
|style="text-align: center;"|'''Current load'''
|style="text-align: center;"|'''Monthly load'''
|}

Zlecanie zadań przez system kolejkowy SLURM

2018-07-31T11:59:59Z

Damian: /* Zlecanie zadań na węzły z kartami GPU */

== Zlecanie zadań ==
 
Przed zleceniem zadania, należy je obudować w odpowiedni skrypt zrozumiały dla systemu kolejkowego, np.:
<pre>
/home/users/user/submit_script.sl
</pre>
Przykładowy skrypt SLURM:
<pre>
#!/bin/bash -l
#SBATCH -N 1
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/sciezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>

Aby zlecić zadanie do konkretnej kolejki używamy parametru #SBATCH -p np.
<pre>
#!/bin/bash -l
#SBATCH -N 1
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00
#SBATCH -p standard

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Zadanie należy następnie zlecić komendą '''sbatch'''
<pre>
sbatch /home/users/user/submit_script.sl
</pre>

=== Zlecanie zadań interaktywnych ===
 
Zadania interaktywne możemy podzielić na dwie grupy:

:* zadanie interaktywne (praca w trybie tekstowym)
:* zadanie interaktywne

==== Zadanie interaktywne (praca w trybie tekstowym) ====
 
Zlecanie zadań interaktywnych jest bardzo proste i w najprostszym przypadku sprowadza się do wydania poniższego polecenia.

<pre>
srun --pty /bin/bash
</pre>

==== Zadanie interaktywne z przekierowaniem X-ów (praca w trybie graficznym) ====
 
Aby zlecić zadanie z przekierowaniem X-ów należy zalogować się na maszynę z uruchomioną usługą X

<pre>
ssh -X eagle.man.poznan.pl
</pre>
 
UWAGA: W systemie Windows należy mieć zainstalowany serwer X np. Xming oraz w programie Putty aktywować przekierowanie X11

Gdy zalogujemy się na maszynę za pomocą X należy zlecić zadanie interaktywne
<pre>
srun --x11 -n28 --pty /bin/bash
</pre>
 
Następnie uruchamiamy przykładowy program (wyświetla stan kolejki na maszynie eagle)

<pre>
sview &
</pre>

== Zlecanie zadań na węzły z kartami GPU ==

W celu zlecenia zadania na węzły z kartami GPU należy
zlecić zadanie na partycję '''tesla''' oraz do skryptu zadaniowego dodać poniższe parametry:

<pre>
#SBATCH --gres=gpu:<liczba kart GPU dla danego zadania>
</pre>

przykładowo dla zadania wymagającego 2 kart:
<pre>
#SBATCH --gres=gpu:2
#SBATCH --partition=tesla
</pre>

Dla części aplikacji wsparcie dla GPU jest zaszyte w parametrach, część posiada specjalną wersję modułu, zazwyczaj zawierającą "CUDA" w nazwie np:

<pre>
namd/2.10-ibverbs-smp-cuda <- wersja ze wsparciem GPU
namd/2.10-multicore(default)
namd/2.10-multicore-cuda <- wersja ze wsparciem GPU
namd/2.10-multicore-mic
namd/2.12-ibverbs
namd/2.12-ibverbs-smp
namd/2.12-ibverbs-smp-CUDA <- wersja ze wsparciem GPU
</pre>

== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==
 
Aby sprawdzić jakie zadania zostały zlecone przez użytkownika należy wykonać polecenie:
Przykład:
<pre>
squeue -u nazwa_uzytkownika
</pre>
 
Wyświetlenie listy zadań

<pre>
squeue -p standard
</pre>

 Wyświetlenie informacji o konkretnym zadaniu

<pre>
scontrol show job <job_id>
</pre>

== Usuwanie zadań ==

Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''scancel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.
 
Przykład:
<pre>
scancel numer_zadania
</pre>

Zlecanie zadań przez system kolejkowy SLURM

2018-07-31T10:52:51Z

Damian:

== Zlecanie zadań ==
 
Przed zleceniem zadania, należy je obudować w odpowiedni skrypt zrozumiały dla systemu kolejkowego, np.:
<pre>
/home/users/user/submit_script.sl
</pre>
Przykładowy skrypt SLURM:
<pre>
#!/bin/bash -l
#SBATCH -N 1
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/sciezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>

Aby zlecić zadanie do konkretnej kolejki używamy parametru #SBATCH -p np.
<pre>
#!/bin/bash -l
#SBATCH -N 1
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00
#SBATCH -p standard

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Zadanie należy następnie zlecić komendą '''sbatch'''
<pre>
sbatch /home/users/user/submit_script.sl
</pre>

=== Zlecanie zadań interaktywnych ===
 
Zadania interaktywne możemy podzielić na dwie grupy:

:* zadanie interaktywne (praca w trybie tekstowym)
:* zadanie interaktywne

==== Zadanie interaktywne (praca w trybie tekstowym) ====
 
Zlecanie zadań interaktywnych jest bardzo proste i w najprostszym przypadku sprowadza się do wydania poniższego polecenia.

<pre>
srun --pty /bin/bash
</pre>

==== Zadanie interaktywne z przekierowaniem X-ów (praca w trybie graficznym) ====
 
Aby zlecić zadanie z przekierowaniem X-ów należy zalogować się na maszynę z uruchomioną usługą X

<pre>
ssh -X eagle.man.poznan.pl
</pre>
 
UWAGA: W systemie Windows należy mieć zainstalowany serwer X np. Xming oraz w programie Putty aktywować przekierowanie X11

Gdy zalogujemy się na maszynę za pomocą X należy zlecić zadanie interaktywne
<pre>
srun --x11 -n28 --pty /bin/bash
</pre>
 
Następnie uruchamiamy przykładowy program (wyświetla stan kolejki na maszynie eagle)

<pre>
sview &
</pre>

== Zlecanie zadań na węzły z kartami GPU ==

W celu zlecenia zadania na węzły z kartami GPU należy
zlecić zadanie na partycję '''tesla''' oraz do skryptu zadaniowego dodać poniższe parametry:

<pre>
#SBATCH --gres=gpu:<liczba kart GPU dla danego zadnia>
</pre>

przykładowo dla zadania wymagającego 2 kart:
<pre>
#SBATCH --gres=gpu:2
#SBATCH --partition=tesla
</pre>

Dla części aplikacji wsparcie dla GPU jest zaszyte w parametrach, część posiada specjalną wersję modułu, zazwyczaj zawierającą "CUDA" w nazwie np:

<pre>
namd/2.10-ibverbs-smp-cuda <- wersja ze wsparciem GPU
namd/2.10-multicore(default)
namd/2.10-multicore-cuda <- wersja ze wsparciem GPU
namd/2.10-multicore-mic
namd/2.12-ibverbs
namd/2.12-ibverbs-smp
namd/2.12-ibverbs-smp-CUDA <- wersja ze wsparciem GPU
</pre>

== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==
 
Aby sprawdzić jakie zadania zostały zlecone przez użytkownika należy wykonać polecenie:
Przykład:
<pre>
squeue -u nazwa_uzytkownika
</pre>
 
Wyświetlenie listy zadań

<pre>
squeue -p standard
</pre>

 Wyświetlenie informacji o konkretnym zadaniu

<pre>
scontrol show job <job_id>
</pre>

== Usuwanie zadań ==

Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''scancel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.
 
Przykład:
<pre>
scancel numer_zadania
</pre>

Zlecanie zadań przez system kolejkowy PBS

2018-03-07T13:48:00Z

Damian:

== Zlecanie zadań ==

Przed zleceniem zadania, należy je obudować w odpowiedni skrypt zrozumiały dla systemu kolejkowego, np.:
<pre>
/home/users/username/submit_script.sh
</pre>
 
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l mem=1gb

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Powyższy skrypt rezerwuje dla zadania 2 procesory na jednym węźle obliczeniowym (#PBS -l nodes=1:ppn=2) oraz pamięć wielkości 1GB (#PBS -l mem=1gb).

Aby przypisać zadanie do konkretnej kolejki używamy parametru #PBS -q np.
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -q standard
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l mem=1gb

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>

W przypadku kart GPU należy wybrać kolejkę '''gpu''' oraz zadeklarować odpowiedni zasób (kartę lub karty), np:
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -q gpu
#PBS -l nodes=1:ppn=1:gpus=1

...
</pre>

Zadanie należy następnie zlecić komendą '''qsub'''
<pre>
qsub /home/users/username/submit_script.sh
</pre>

== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==
Do sprawdzenia stanu kolejki służy polecenie qstat. Można korzystać z następujących jego parametrów:
<li>-r - pokazuje uruchomione zadania
<li>-i - pokazuje zadania oczekujące
<li>-u - pokazuje zadania wybranego użytkownika
<li>-f - pokazuje szczegółowe informacje o zadaniach (lub zadaniu, jeżeli podamy jego identyfikator po parametrze)
 

Przykład:

<pre>
qstat -u nazwa_uzytkownika
</pre>

== Szeregowanie zadań ==

Użytkownik może zlecić zadanie do systemu kolejkowego nie podając żadnego oznaczenia co będzie skutkowało uruchomieniem zadania na dowolnym węźle obliczeniowym lub szeregować swoje zadania na poszczególne klasy węzłów używając wyżej wymienionych oznaczeń (properties). W tym celu w skrypcie zlecającym zadanie należy podać oznaczenie klasy węzłów, z której użytkownik chciałby skorzystać.

<pre>
#PBS -lnodes=1:ppn=1:<oznaczenie>
</pre>

Poniżej kilka przykładów.

* Zlecenie zadania na węzeł z dwiema kartami graficznymi

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:gpus=2
</pre>

* Zlecenie zadania na węzły z procesorami haswell

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:haswell_2600mhz
</pre>

* Zlecenie zadania na węzły z procesorami nehalem

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:nehalem_2400mhz
</pre>

UWAGA: Zlecanie zadań na poszczególne klasy węzłów może skutkować tym, że użytkownik będzie dłużej czekał na wykonanie swoich zadań. Taka sytuacja może się zdarzyć w przypadku, gdy większa liczba użytkowników zleci zadania na daną klasę węzłów powodując, ze zadania będą czekały w kolejce pomimo wolnych zasobów na klastrze. W rezultacie zadanie uruchomione na węzłach z wolniejszymi procesorami może uruchomić się i policzyć szybciej niż zadanie zlecone na najszybsze procesory.

== Zadania interaktywne ==

Zadanie interaktywne pozwala użytkownikowi na uzyskanie powłoki (shell-a) na węźle obliczeniowym. Ponieważ kompilacja oraz uruchamianie wszelkich programów na maszynie dostępowej do klastra (ui.inula.man.poznan.pl) jest niedozwolone, zdania interaktywne są jednym ze sposobów, aby uruchomic oprogramowanie z graficznym interfejsem użytkownika (np. Matlab, Maple, itp.) lub skompilować swoją aplikację. Poniżej przedstawiony został przykład jak uruchomić zadanie w trybie interaktywnym.
 
'''Z linii poleceń'''
 
Najprostszym sposobem uruchomienia zadania interaktywnego jest wykonanie poniższego polecenia.

<pre>
[username@ui ~]$ qsub -I
qsub: waiting for job 102004.creamce.inula.man.poznan.pl to start
qsub: job 102004.creamce.inula.man.poznan.pl ready
</pre>

Oczywiście można i w większości przypadków należy podać dodatkowe parametry do polecenia 'qsub' tj. liczbę potrzebnych procesorów, pamięci, czy też nazwę kolejki.

<pre>
[username@ui ~]$qsub -I -q gpu
</pre>

== Sprawdzenie zadań na węźle ==

Aby sprawdzić na który aktualnie węźle liczy się nasze zadanie należy wykonać polecenie :
<pre>
qstat -n1 -u nazwa_uzytkownika
</pre>
Aby zalogować się na węzeł na którym liczy się zadanie:
<pre>
ssh <wezel_obliczeniowy>
</pre>
Wylistowanie katalogu zadania:

<pre>
ls -ali /tmp/lustre/<numer_zadania>.creamce.inula.man.poznan.pl
</pre>

== Usuwanie zadań ==

Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''qdel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.
 
Przykład:
<pre>
qdel numer_zadania
</pre>

Zlecanie zadań przez system kolejkowy PBS

2018-03-07T13:46:28Z

Damian:

== Zlecanie zadań ==

Przed zleceniem zadania, należy je obudować w odpowiedni skrypt zrozumiały dla systemu kolejkowego, np.:
<pre>
/home/users/username/submit_script.sh
</pre>
 
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l mem=1gb

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Powyższy skrypt rezerwuje dla zadania 2 procesory na jednym węźle obliczeniowym (#PBS -l nodes=1:ppn=2) oraz pamięć wielkości 1GB (#PBS -l mem=1gb).

Aby przypisać zadanie do konkretnej kolejki używamy parametru #PBS -q np.
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -q standard
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l mem=1gb

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>

W przypadku kart GPU należy wybrać kolejkę '''gpu''' oraz zadeklarować odpowiedni zasób (kartę lub karty), np:
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -q gpu
#PBS -l nodes=1:ppn=1:gpu=1

...
</pre>

Zadanie należy następnie zlecić komendą '''qsub'''
<pre>
qsub /home/users/username/submit_script.sh
</pre>

== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==
Do sprawdzenia stanu kolejki służy polecenie qstat. Można korzystać z następujących jego parametrów:
<li>-r - pokazuje uruchomione zadania
<li>-i - pokazuje zadania oczekujące
<li>-u - pokazuje zadania wybranego użytkownika
<li>-f - pokazuje szczegółowe informacje o zadaniach (lub zadaniu, jeżeli podamy jego identyfikator po parametrze)
 

Przykład:

<pre>
qstat -u nazwa_uzytkownika
</pre>

== Szeregowanie zadań ==

Użytkownik może zlecić zadanie do systemu kolejkowego nie podając żadnego oznaczenia co będzie skutkowało uruchomieniem zadania na dowolnym węźle obliczeniowym lub szeregować swoje zadania na poszczególne klasy węzłów używając wyżej wymienionych oznaczeń (properties). W tym celu w skrypcie zlecającym zadanie należy podać oznaczenie klasy węzłów, z której użytkownik chciałby skorzystać.

<pre>
#PBS -lnodes=1:ppn=1:<oznaczenie>
</pre>

Poniżej kilka przykładów.

* Zlecenie zadania na węzeł z dwiema kartami graficznymi

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:gpu=2
</pre>

* Zlecenie zadania na węzły z procesorami haswell

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:haswell_2600mhz
</pre>

* Zlecenie zadania na węzły z procesorami nehalem

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:nehalem_2400mhz
</pre>

UWAGA: Zlecanie zadań na poszczególne klasy węzłów może skutkować tym, że użytkownik będzie dłużej czekał na wykonanie swoich zadań. Taka sytuacja może się zdarzyć w przypadku, gdy większa liczba użytkowników zleci zadania na daną klasę węzłów powodując, ze zadania będą czekały w kolejce pomimo wolnych zasobów na klastrze. W rezultacie zadanie uruchomione na węzłach z wolniejszymi procesorami może uruchomić się i policzyć szybciej niż zadanie zlecone na najszybsze procesory.

== Zadania interaktywne ==

Zadanie interaktywne pozwala użytkownikowi na uzyskanie powłoki (shell-a) na węźle obliczeniowym. Ponieważ kompilacja oraz uruchamianie wszelkich programów na maszynie dostępowej do klastra (ui.inula.man.poznan.pl) jest niedozwolone, zdania interaktywne są jednym ze sposobów, aby uruchomic oprogramowanie z graficznym interfejsem użytkownika (np. Matlab, Maple, itp.) lub skompilować swoją aplikację. Poniżej przedstawiony został przykład jak uruchomić zadanie w trybie interaktywnym.
 
'''Z linii poleceń'''
 
Najprostszym sposobem uruchomienia zadania interaktywnego jest wykonanie poniższego polecenia.

<pre>
[username@ui ~]$ qsub -I
qsub: waiting for job 102004.creamce.inula.man.poznan.pl to start
qsub: job 102004.creamce.inula.man.poznan.pl ready
</pre>

Oczywiście można i w większości przypadków należy podać dodatkowe parametry do polecenia 'qsub' tj. liczbę potrzebnych procesorów, pamięci, czy też nazwę kolejki.

<pre>
[username@ui ~]$qsub -I -q gpu
</pre>

== Sprawdzenie zadań na węźle ==

Aby sprawdzić na który aktualnie węźle liczy się nasze zadanie należy wykonać polecenie :
<pre>
qstat -n1 -u nazwa_uzytkownika
</pre>
Aby zalogować się na węzeł na którym liczy się zadanie:
<pre>
ssh <wezel_obliczeniowy>
</pre>
Wylistowanie katalogu zadania:

<pre>
ls -ali /tmp/lustre/<numer_zadania>.creamce.inula.man.poznan.pl
</pre>

== Usuwanie zadań ==

Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''qdel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.
 
Przykład:
<pre>
qdel numer_zadania
</pre>

Zlecanie zadań przez system kolejkowy PBS

2018-03-07T13:45:56Z

Damian:

== Zlecanie zadań ==

Przed zleceniem zadania, należy je obudować w odpowiedni skrypt zrozumiały dla systemu kolejkowego, np.:
<pre>
/home/users/username/submit_script.sh
</pre>
 
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l mem=1gb

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Powyższy skrypt rezerwuje dla zadania 2 procesory na jednym węźle obliczeniowym (#PBS -l nodes=1:ppn=2) oraz pamięć wielkości 1GB (#PBS -l mem=1gb).

Aby przypisać zadanie do konkretnej kolejki używamy parametru #PBS -q np.
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -q standard
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l mem=1gb

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>

W przypadku kart GPU należy wybrać kolejkę '''gpu''' oraz zadeklarować odpowiedni zasób (kartę lub karty), np:
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -q gpu
#PBS -l nodes=1:ppn=1:gpus=1

...
</pre>

Zadanie należy następnie zlecić komendą '''qsub'''
<pre>
qsub /home/users/username/submit_script.sh
</pre>

== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==
Do sprawdzenia stanu kolejki służy polecenie qstat. Można korzystać z następujących jego parametrów:
<li>-r - pokazuje uruchomione zadania
<li>-i - pokazuje zadania oczekujące
<li>-u - pokazuje zadania wybranego użytkownika
<li>-f - pokazuje szczegółowe informacje o zadaniach (lub zadaniu, jeżeli podamy jego identyfikator po parametrze)
 

Przykład:

<pre>
qstat -u nazwa_uzytkownika
</pre>

== Szeregowanie zadań ==

Użytkownik może zlecić zadanie do systemu kolejkowego nie podając żadnego oznaczenia co będzie skutkowało uruchomieniem zadania na dowolnym węźle obliczeniowym lub szeregować swoje zadania na poszczególne klasy węzłów używając wyżej wymienionych oznaczeń (properties). W tym celu w skrypcie zlecającym zadanie należy podać oznaczenie klasy węzłów, z której użytkownik chciałby skorzystać.

<pre>
#PBS -lnodes=1:ppn=1:<oznaczenie>
</pre>

Poniżej kilka przykładów.

* Zlecenie zadania na węzeł z dwiema kartami graficznymi

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:gpu=2
</pre>

* Zlecenie zadania na węzły z procesorami haswell

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:haswell_2600mhz
</pre>

* Zlecenie zadania na węzły z procesorami nehalem

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:nehalem_2400mhz
</pre>

UWAGA: Zlecanie zadań na poszczególne klasy węzłów może skutkować tym, że użytkownik będzie dłużej czekał na wykonanie swoich zadań. Taka sytuacja może się zdarzyć w przypadku, gdy większa liczba użytkowników zleci zadania na daną klasę węzłów powodując, ze zadania będą czekały w kolejce pomimo wolnych zasobów na klastrze. W rezultacie zadanie uruchomione na węzłach z wolniejszymi procesorami może uruchomić się i policzyć szybciej niż zadanie zlecone na najszybsze procesory.

== Zadania interaktywne ==

Zadanie interaktywne pozwala użytkownikowi na uzyskanie powłoki (shell-a) na węźle obliczeniowym. Ponieważ kompilacja oraz uruchamianie wszelkich programów na maszynie dostępowej do klastra (ui.inula.man.poznan.pl) jest niedozwolone, zdania interaktywne są jednym ze sposobów, aby uruchomic oprogramowanie z graficznym interfejsem użytkownika (np. Matlab, Maple, itp.) lub skompilować swoją aplikację. Poniżej przedstawiony został przykład jak uruchomić zadanie w trybie interaktywnym.
 
'''Z linii poleceń'''
 
Najprostszym sposobem uruchomienia zadania interaktywnego jest wykonanie poniższego polecenia.

<pre>
[username@ui ~]$ qsub -I
qsub: waiting for job 102004.creamce.inula.man.poznan.pl to start
qsub: job 102004.creamce.inula.man.poznan.pl ready
</pre>

Oczywiście można i w większości przypadków należy podać dodatkowe parametry do polecenia 'qsub' tj. liczbę potrzebnych procesorów, pamięci, czy też nazwę kolejki.

<pre>
[username@ui ~]$qsub -I -q gpu
</pre>

== Sprawdzenie zadań na węźle ==

Aby sprawdzić na który aktualnie węźle liczy się nasze zadanie należy wykonać polecenie :
<pre>
qstat -n1 -u nazwa_uzytkownika
</pre>
Aby zalogować się na węzeł na którym liczy się zadanie:
<pre>
ssh <wezel_obliczeniowy>
</pre>
Wylistowanie katalogu zadania:

<pre>
ls -ali /tmp/lustre/<numer_zadania>.creamce.inula.man.poznan.pl
</pre>

== Usuwanie zadań ==

Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''qdel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.
 
Przykład:
<pre>
qdel numer_zadania
</pre>

Abaqus

2016-12-15T14:14:59Z

Damian:

Opis programu:
Abaqus FEA (dawniej ABAQUS) jest oprogramowaniem do analizy metodą elementów skończonych i inżynierii wspomaganej komputerowo
 
Wersje:
<pre>
Version: 6.12-3
Platform: x86_64
Category: Applications/Engineering
URL: www.simulia.com
Provides: abaqus
</pre>
Poniżej znajduje się informacja jak załadować moduł do oprogramowania: 
[https://wiki.man.poznan.pl/kdm/index.php/Podstawowe_informacje#Za.C5.82adowanie_modu.C5.82u| Odnośnik do ładowania modułów] 
Przykładowy skrypt uruchomieniowy PBS:
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -l walltime=160:00:00
#PBS -l mem=88gb
#PBS -l nodes=3:ppn=12:kujawski
#PBS -q multi

## Set up job environment
APP=abaqus/6.10-2
module load $APP

IN_FILE=1_mass_coarse_inside.inp
OUT_FILE=$IN_FILE.log

TMPDIR=/tmp/lustre_shared/$USER/$PBS_JOBID/

PROGRAM_DATA=$PBS_O_WORKDIR/input
NPROC=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)

## Set - shared storage
mkdir -p /tmp/lustre_shared/$USER/${PBS_JOBID}
export TMPDIR=/tmp/lustre_shared/$USER/${PBS_JOBID}

## Copy data files
cp ${PROGRAM_DATA}/* ${TMPDIR}
cd ${TMPDIR}

## Run command
CFG_FILE=${TMPDIR}/abaqus_v6.env
HOSTFILE=${TMPDIR}/$PBS_JOBID.hostfile.txt

cat $PBS_NODEFILE | uniq -c >> $HOSTFILE

rm -rf $CFG_FILE

./prepare_config.py $CFG_FILE $HOSTFILE

# running abaqus in parallel mode
abaqus interactive \
cpus=36 \
standard_memory="20000mb" \
memory="88000 mb" \
input=$IN_FILE job=1_mass_coarse_inside \
scratch=$TMPDIR > $OUT_FILE

rm -rf ${PBS_O_WORKDIR}/output/*
## Copy the results of calculations
cp ${TMPDIR}/* ${PBS_O_WORKDIR}/output/

## clean temp dir & environment
rm -rf ${TMPDIR}
module unload $APP

</pre>

Przykładowy skrypt uruchomieniowy SLURM:
<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=ctest
#SBATCH --output=ctest.out
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=28
#SBATCH --mem=62GB
#SBATCH --time=05:00:00

# wezel roboczy
echo "Zadanie wykonuje sie na wezle "
/bin/hostname
echo ""

# katalog TMPDIR :
TMPDIR=/tmp/lustre_shared/$USER/$SLURM_JOBID
mkdir -p $TMPDIR

# sciezka $TMPDIR
cd $TMPDIR
echo "Katalog TMPDIR to :"
pwd
echo ""

# kopiowanie plik�w $TMPDIR
cp $SLURM_SUBMIT_DIR/input/c1.inp $TMPDIR

## oblicznenia
### module load abaqus/6.14-2

IN_FILE=c1.inp
OUT_FILE=ctest_abq.log

PROGRAM_DATA=$SLURM_SUBMITDIR

# Abaqus parallel mode
/opt/exp_soft/local/generic/abaqus/Commands/abq6133 \
interactive \
cpus=28 \
input=$TMPDIR/$IN_FILE job=ctest \
standard_memory="60000mb" \
scratch=$TMPDIR > $TMPDIR/$OUT_FILE

# kopiowanie katalogu $TMPDIR
cp -r $TMPDIR $SLURM_SUBMIT_DIR/

# usuwanie
rm -rf $TMPDIR

</pre>

Poniżej znajdują się pliki które powinny znaleźć się w katalogu input. 
[[Plik:Abaqus_input.zip]]

Zlecanie zadań przez system kolejkowy PBS

2016-10-25T11:24:20Z

Damian: /* Zadania interaktywne */

== Zlecanie zadań ==

Przed zleceniem zadania, należy je obudować w odpowiedni skrypt zrozumiały dla systemu kolejkowego, np.:
<pre>
/home/users/username/submit_script.sh
</pre>
 
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l mem=1gb

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Powyższy skrypt rezerwuje dla zadania 2 procesory na jednym węźle obliczeniowym (#PBS -l nodes=1:ppn=2) oraz pamięć wielkości 1GB (#PBS -l mem=1gb).

Aby przypisać zadanie do konkretnej kolejki używamy parametru #PBS -q np.
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -q standard
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l mem=1gb

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Zadanie należy następnie zlecić komendą '''qsub'''
<pre>
qsub /home/users/username/submit_script.sh
</pre>

== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==
Do sprawdzenia stanu kolejki służy polecenie qstat. Można korzystać z następujących jego parametrów:
<li>-r - pokazuje uruchomione zadania
<li>-i - pokazuje zadania oczekujące
<li>-u - pokazuje zadania wybranego użytkownika
<li>-f - pokazuje szczegółowe informacje o zadaniach (lub zadaniu, jeżeli podamy jego identyfikator po parametrze)
 

Przykład:

<pre>
qstat -u nazwa_uzytkownika
</pre>

== Szeregowanie zadań ==

Użytkownik może zlecić zadanie do systemu kolejkowego nie podając żadnego oznaczenia co będzie skutkowało uruchomieniem zadania na dowolnym węźle obliczeniowym lub szeregować swoje zadania na poszczególne klasy węzłów używając wyżej wymienionych oznaczeń (properties). W tym celu w skrypcie zlecającym zadanie należy podać oznaczenie klasy węzłów, z której użytkownik chciałby skorzystać.

<pre>
#PBS -lnodes=1:ppn=1:<oznaczenie>
</pre>

Poniżej kilka przykładów.

* Zlecenie zadania na węzeł z dwiema kartami graficznymi

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:gpu2
</pre>

* Zlecenie zadania na węzły z procesorami haswell

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:haswell_2600mhz
</pre>

* Zlecenie zadania na węzły z procesorami nehalem

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:nehalem_2400mhz
</pre>

UWAGA: Zlecanie zadań na poszczególne klasy węzłów może skutkować tym, że użytkownik będzie dłużej czekał na wykonanie swoich zadań. Taka sytuacja może się zdarzyć w przypadku, gdy większa liczba użytkowników zleci zadania na daną klasę węzłów powodując, ze zadania będą czekały w kolejce pomimo wolnych zasobów na klastrze. W rezultacie zadanie uruchomione na węzłach z wolniejszymi procesorami może uruchomić się i policzyć szybciej niż zadanie zlecone na najszybsze procesory.

== Zadania interaktywne ==

Zadanie interaktywne pozwala użytkownikowi na uzyskanie powłoki (shell-a) na węźle obliczeniowym. Ponieważ kompilacja oraz uruchamianie wszelkich programów na maszynie dostępowej do klastra (ui.inula.man.poznan.pl) jest niedozwolone, zdania interaktywne są jednym ze sposobów, aby uruchomic oprogramowanie z graficznym interfejsem użytkownika (np. Matlab, Maple, itp.) lub skompilować swoją aplikację. Poniżej przedstawiony został przykład jak uruchomić zadanie w trybie interaktywnym.
 
'''Z linii poleceń'''
 
Najprostszym sposobem uruchomienia zadania interaktywnego jest wykonanie poniższego polecenia.

<pre>
[username@ui ~]$ qsub -I
qsub: waiting for job 102004.creamce.inula.man.poznan.pl to start
qsub: job 102004.creamce.inula.man.poznan.pl ready
</pre>

Oczywiście można i w większości przypadków należy podać dodatkowe parametry do polecenia 'qsub' tj. liczbę potrzebnych procesorów, pamięci, czy też nazwę kolejki.

<pre>
[username@ui ~]$qsub -I -q gpu
</pre>

== Sprawdzenie zadań na węźle ==

Aby sprawdzić na który aktualnie węźle liczy się nasze zadanie należy wykonać polecenie :
<pre>
qstat -n1 -u nazwa_uzytkownika
</pre>
Aby zalogować się na węzeł na którym liczy się zadanie:
<pre>
ssh <wezel_obliczeniowy>
</pre>
Wylistowanie katalogu zadania:

<pre>
ls -ali /tmp/lustre/<numer_zadania>.creamce.inula.man.poznan.pl
</pre>

== Usuwanie zadań ==

Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''qdel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.
 
Przykład:
<pre>
qdel numer_zadania
</pre>

Zlecanie zadań przez system kolejkowy PBS

2016-10-25T11:23:54Z

Damian: /* Zadania interaktywne */

== Zlecanie zadań ==

Przed zleceniem zadania, należy je obudować w odpowiedni skrypt zrozumiały dla systemu kolejkowego, np.:
<pre>
/home/users/username/submit_script.sh
</pre>
 
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l mem=1gb

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Powyższy skrypt rezerwuje dla zadania 2 procesory na jednym węźle obliczeniowym (#PBS -l nodes=1:ppn=2) oraz pamięć wielkości 1GB (#PBS -l mem=1gb).

Aby przypisać zadanie do konkretnej kolejki używamy parametru #PBS -q np.
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -q standard
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l mem=1gb

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Zadanie należy następnie zlecić komendą '''qsub'''
<pre>
qsub /home/users/username/submit_script.sh
</pre>

== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==
Do sprawdzenia stanu kolejki służy polecenie qstat. Można korzystać z następujących jego parametrów:
<li>-r - pokazuje uruchomione zadania
<li>-i - pokazuje zadania oczekujące
<li>-u - pokazuje zadania wybranego użytkownika
<li>-f - pokazuje szczegółowe informacje o zadaniach (lub zadaniu, jeżeli podamy jego identyfikator po parametrze)
 

Przykład:

<pre>
qstat -u nazwa_uzytkownika
</pre>

== Szeregowanie zadań ==

Użytkownik może zlecić zadanie do systemu kolejkowego nie podając żadnego oznaczenia co będzie skutkowało uruchomieniem zadania na dowolnym węźle obliczeniowym lub szeregować swoje zadania na poszczególne klasy węzłów używając wyżej wymienionych oznaczeń (properties). W tym celu w skrypcie zlecającym zadanie należy podać oznaczenie klasy węzłów, z której użytkownik chciałby skorzystać.

<pre>
#PBS -lnodes=1:ppn=1:<oznaczenie>
</pre>

Poniżej kilka przykładów.

* Zlecenie zadania na węzeł z dwiema kartami graficznymi

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:gpu2
</pre>

* Zlecenie zadania na węzły z procesorami haswell

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:haswell_2600mhz
</pre>

* Zlecenie zadania na węzły z procesorami nehalem

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:nehalem_2400mhz
</pre>

UWAGA: Zlecanie zadań na poszczególne klasy węzłów może skutkować tym, że użytkownik będzie dłużej czekał na wykonanie swoich zadań. Taka sytuacja może się zdarzyć w przypadku, gdy większa liczba użytkowników zleci zadania na daną klasę węzłów powodując, ze zadania będą czekały w kolejce pomimo wolnych zasobów na klastrze. W rezultacie zadanie uruchomione na węzłach z wolniejszymi procesorami może uruchomić się i policzyć szybciej niż zadanie zlecone na najszybsze procesory.

== Zadania interaktywne ==

Zadanie interaktywne pozwala użytkownikowi na uzyskanie powłoki (shell-a) na węźle obliczeniowym. Ponieważ kompilacja oraz uruchamianie wszelkich programów na maszynie dostępowej do klastra (ui.inula.man.poznan.pl) jest niedozwolone, zdania interaktywne są jednym ze sposobów, aby uruchomic oprogramowanie z graficznym interfejsem użytkownika (np. Matlab, Maple, itp.) lub skompilować swoją aplikację. Poniżej przedstawiony został przykład jak uruchomić zadanie w trybie interaktywnym.
 
'''Z linii poleceń'''
 
Najprostszym sposobem uruchomienia zadania interaktywnego jest wykonanie poniższego polecenia.

<pre>
[username@ui ~]$ qsub -I
qsub: waiting for job 102004.creamce.inula.man.poznan.pl to start
qsub: job 102004.creamce.inula.man.poznan.pl ready
</pre>

Oczywiście można i w większości przypadków należy podać dodatkowe parametry do polecenia 'qsub' tj. liczbę potrzebnych procesorów, potrzebnej pamięci, nazwę kolejki.

<pre>
[username@ui ~]$qsub -I -q gpu
</pre>

== Sprawdzenie zadań na węźle ==

Aby sprawdzić na który aktualnie węźle liczy się nasze zadanie należy wykonać polecenie :
<pre>
qstat -n1 -u nazwa_uzytkownika
</pre>
Aby zalogować się na węzeł na którym liczy się zadanie:
<pre>
ssh <wezel_obliczeniowy>
</pre>
Wylistowanie katalogu zadania:

<pre>
ls -ali /tmp/lustre/<numer_zadania>.creamce.inula.man.poznan.pl
</pre>

== Usuwanie zadań ==

Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''qdel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.
 
Przykład:
<pre>
qdel numer_zadania
</pre>

Strona główna

2016-10-03T13:51:26Z

Damian:

__NOTITLE__
{| class="wikitable"; id="customers"
! style="font-weight: bold;" | '''Aktualności'''
|-
|-class="alt"
|
'''Konkurs na Najlepszy Artykuł w CMST''' 
Zapraszamy do zgłoszenia artykułów, które ukażą się w najnowszym numerze czasopisma CMST!

Informacja dla autorów: http://cmst.eu/notes-for-authors/ 
Spośród zgłoszonych prac wyłonione zostaną dwie najlepsze. 
Nagroda główna: 3000 zł netto dla zwycięskiego artykułu, 
Wyróżnienie: nagroda rzeczowa ufundowana przez sponsora Konferencji Użytkowników KDM 2016.

- Zgłoszenia publikacji do 31 października 2016 r. 
- Rozstrzygnięcie konkursu do 30 grudnia 2016 r.

Regulamin konkursu: http://konferencjakdm.pcss.pl/2016/konkursy
|}
[[Aktualności]]

<Center>
== Zasoby obliczeniowe PCSS ==
 
{| class="wikitable"
|style="text-align: center;"|[[Plik:eagle.jpg|240px|link=Eagle]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Inula.jpg|240px|link=Inula]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Chimera.jpg|240px|link=Chimera]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Inula.jpg|240px|link=Cane]]
|-
|style="text-align: center;"|'''[[Eagle]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Inula]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Chimera]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Cane]]'''
|-
! colspan="4" | 24h active nodes
|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/inula_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/chimera_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/cane_processors.png
|-
! colspan="4" | Current load
|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/inula_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/chimera_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/cane_load.png
|-
! colspan="4" | Monthly load
|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_monthly_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/inula_monthly_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/chimera_monthly_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/cane_monthly_load.png
|}

Strona główna

2016-09-13T12:37:54Z

Damian:

__NOTITLE__
{| class="wikitable"; id="customers"
! style="font-weight: bold;" | '''Aktualności'''
|-
|-class="alt"
|
'''Konkurs na Najlepszy Artykuł w CMST''' 
Zapraszamy do zgłoszenia artykułów, które ukażą się w najnowszym numerze czasopisma CMST!

Informacja dla autorów: http://cmst.eu/notes-for-authors/ 
Spośród zgłoszonych prac wyłonione zostaną dwie najlepsze. 
Nagroda główna: 3000 zł netto dla zwycięskiego artykułu, 
Wyróżnienie: nagroda rzeczowa ufundowana przez sponsora Konferencji Użytkowników KDM 2016.

- Zgłoszenia publikacji do 31 października 2016 r. 
- Rozstrzygnięcie konkursu do 30 grudnia 2016 r.

Regulamin konkursu: http://konferencjakdm.pcss.pl/2016/konkursy
|}
[[Aktualności]]

<Center>
== Zasoby obliczeniowe PCSS ==
 
{| class="wikitable"
|style="text-align: center;"|[[Plik:eagle.jpg|240px|link=Eagle]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Inula.jpg|240px|link=Inula]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Chimera.jpg|240px|link=Chimera]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Inula.jpg|240px|link=Cane]]
|-
|style="text-align: center;"|'''[[Eagle]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Inula]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Chimera]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Cane]]'''
|-
! colspan="4" | 24h active processors
|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/inula_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/chimera_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/cane_processors.png
|-
! colspan="4" | Current load
|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/inula_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/chimera_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/cane_load.png
|-
! colspan="4" | Monthly load
|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_monthly_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/inula_monthly_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/chimera_monthly_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/cane_monthly_load.png
|}

Strona główna

2016-09-13T11:52:39Z

Damian:

__NOTITLE__
{| class="wikitable"; id="customers"
! style="font-weight: bold;" | '''Aktualności'''
|-
|-class="alt"
|
'''Konkurs na Najlepszy Artykuł w CMST''' 
Zapraszamy do zgłoszenia artykułów, które ukażą się w najnowszym numerze czasopisma CMST!

Informacja dla autorów: http://cmst.eu/notes-for-authors/ 
Spośród zgłoszonych prac wyłonione zostaną dwie najlepsze. 
Nagroda główna: 3000 zł netto dla zwycięskiego artykułu, 
Wyróżnienie: nagroda rzeczowa ufundowana przez sponsora Konferencji Użytkowników KDM 2016.

- Zgłoszenia publikacji do 31 października 2016 r. 
- Rozstrzygnięcie konkursu do 30 grudnia 2016 r.

Regulamin konkursu: http://konferencjakdm.pcss.pl/2016/konkursy
|}
[[Aktualności]]

<Center>
== Zasoby obliczeniowe PCSS ==
 
{| class="wikitable"
|style="text-align: center;"|[[Plik:eagle.jpg|240px|link=Eagle]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Inula.jpg|240px|link=Inula]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Chimera.jpg|240px|link=Chimera]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Inula.jpg|240px|link=Cane]]
|-
|style="text-align: center;"|'''[[Eagle]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Inula]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Chimera]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Cane]]'''
|-
! colspan="4" | 24h active processors
|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/inula_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/chimera_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/cane_processors.png
|-
! colspan="4" | Current Load
|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/inula_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/chimera_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/cane_load.png
|}

Strona główna

2016-09-13T11:49:34Z

Damian:

__NOTITLE__
{| class="wikitable"; id="customers"
! style="font-weight: bold;" | '''Aktualności'''
|-
|-class="alt"
|
'''Konkurs na Najlepszy Artykuł w CMST''' 
Zapraszamy do zgłoszenia artykułów, które ukażą się w najnowszym numerze czasopisma CMST!

Informacja dla autorów: http://cmst.eu/notes-for-authors/ 
Spośród zgłoszonych prac wyłonione zostaną dwie najlepsze. 
Nagroda główna: 3000 zł netto dla zwycięskiego artykułu, 
Wyróżnienie: nagroda rzeczowa ufundowana przez sponsora Konferencji Użytkowników KDM 2016.

- Zgłoszenia publikacji do 31 października 2016 r. 
- Rozstrzygnięcie konkursu do 30 grudnia 2016 r.

Regulamin konkursu: http://konferencjakdm.pcss.pl/2016/konkursy
|}
[[Aktualności]]

<Center>
== Zasoby obliczeniowe PCSS ==
 
{| class="wikitable"
|style="text-align: center;"|[[Plik:eagle.jpg|240px|link=Eagle]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Inula.jpg|240px|link=Inula]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Chimera.jpg|240px|link=Chimera]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Inula.jpg|240px|link=Cane]]
|-
|style="text-align: center;"|'''[[Eagle]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Inula]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Chimera]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Cane]]'''
|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/inula_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/chimera_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/cane_processors.png
|-
! colspan="4" | Current Load
|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/inula_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/chimera_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/cane_load.png
|}

Strona główna

2016-08-01T11:12:01Z

Damian: /* Zasoby obliczeniowe PCSS */

__NOTITLE__
{| class="wikitable"; id="customers"
! style="font-weight: bold;" | '''Aktualności'''
|-
|-class="alt"
|
'''Konkurs na Najlepszy Artykuł w CMST''' 
Zapraszamy do zgłoszenia artykułów, które ukażą się w najnowszym numerze czasopisma CMST!

Informacja dla autorów: http://cmst.eu/notes-for-authors/ 
Spośród zgłoszonych prac wyłonione zostaną dwie najlepsze. 
Nagroda główna: 3000 zł netto dla zwycięskiego artykułu, 
Wyróżnienie: nagroda rzeczowa ufundowana przez sponsora Konferencji Użytkowników KDM 2016.

- Zgłoszenia publikacji do 31 października 2016 r. 
- Rozstrzygnięcie konkursu do 30 grudnia 2016 r.

Regulamin konkursu: http://konferencjakdm.pcss.pl/2016/konkursy
|}
[[Aktualności]]

<Center>
== Zasoby obliczeniowe PCSS ==
 
{| class="wikitable"
|style="text-align: center;"|[[Plik:eagle.jpg|240px|link=Eagle]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Inula.jpg|240px|link=Inula]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Chimera.jpg|240px|link=Chimera]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Inula.jpg|240px|link=Inula]]
|-
|style="text-align: center;"|'''[[Eagle]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Inula]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Chimera]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Cane]]'''
|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/inula_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/chimera_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/cane_processors.png
|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/inula_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/chimera_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/cane_load.png
|}

Strona główna

2016-08-01T11:11:21Z

Damian: /* Zasoby obliczeniowe PCSS */

__NOTITLE__
{| class="wikitable"; id="customers"
! style="font-weight: bold;" | '''Aktualności'''
|-
|-class="alt"
|
'''Konkurs na Najlepszy Artykuł w CMST''' 
Zapraszamy do zgłoszenia artykułów, które ukażą się w najnowszym numerze czasopisma CMST!

Informacja dla autorów: http://cmst.eu/notes-for-authors/ 
Spośród zgłoszonych prac wyłonione zostaną dwie najlepsze. 
Nagroda główna: 3000 zł netto dla zwycięskiego artykułu, 
Wyróżnienie: nagroda rzeczowa ufundowana przez sponsora Konferencji Użytkowników KDM 2016.

- Zgłoszenia publikacji do 31 października 2016 r. 
- Rozstrzygnięcie konkursu do 30 grudnia 2016 r.

Regulamin konkursu: http://konferencjakdm.pcss.pl/2016/konkursy
|}
[[Aktualności]]

<Center>
== Zasoby obliczeniowe PCSS ==
 
{| class="wikitable"
|style="text-align: center;"|[[Plik:eagle.jpg|280px|link=Eagle]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Inula.jpg|280px|link=Inula]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Chimera.jpg|280px|link=Chimera]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Inula.jpg|280px|link=Inula]]
|-
|style="text-align: center;"|'''[[Eagle]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Inula]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Chimera]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Cane]]'''
|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/inula_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/chimera_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/cane_processors.png
|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/inula_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/chimera_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/cane_load.png
|}

How to register

2016-01-19T13:59:22Z

Damian: Przekierowanie do Jak zostać użytkownikiem

#REDIRECT [[Jak_zostać_użytkownikiem]]

Job submission via SLURM

2016-01-19T13:56:22Z

Damian: Przekierowanie do Zlecanie zadań przez system kolejkowy SLURM

#REDIRECT [[Zlecanie_zadań_przez_system_kolejkowy_SLURM]]

Job submission via SLURM

2016-01-19T13:55:22Z

Damian: Utworzono nową stronę "#REDIRECT [Zlecanie_zadań_przez_system_kolejkowy_SLURM]"

#REDIRECT [Zlecanie_zadań_przez_system_kolejkowy_SLURM]

Strona główna

2016-01-18T14:58:14Z

Damian:

__NOTITLE__




<Center>

== Zasoby obliczeniowe PCSS ==
 
{| class="wikitable"
|style="text-align: center;"|[[Plik:eagle.jpg|240px|link=Eagle]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Inula.jpg|240px|link=Inula]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Chimera.jpg|240px|link=Chimera]]
|style="text-align: center;"|[[Plik:Inula.jpg|240px|link=Inula]]
|-
|style="text-align: center;"|'''[[Eagle]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Inula]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Chimera]]'''
|style="text-align: center;"|'''[[Cane]]'''
|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/inula_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/chimera_processors.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/cane_processors.png
|-
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/eagle_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/inula_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/chimera_load.png
|https://wiki.man.poznan.pl/kdm/static-content/cane_load.png
|}

Zlecanie zadań przez system kolejkowy SLURM

2016-01-05T12:33:32Z

Damian: /* Wstawianie zadań */

== Wstawianie zadań ==
 
Przed zleceniem zadania, należy je obudować w odpowiedni skrypt zrozumiały dla systemu kolejkowego, np.:
<pre>
/home/users/user/submit_script.sl
</pre>
Przykładowy skrypt SLURM:
<pre>
#!/bin/bash -l
#SBATCH -N 1
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.exe >/sciezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>

Aby zlecić zadanie do konkretnej kolejki używamy parametru #SBATCH -p np.
<pre>
#!/bin/bash -l
#SBATCH -N 1
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00
#SBATCH -p long

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.exe >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Zadanie należy następnie zlecić komendą '''sbatch'''
<pre>
sbatch /home/users/user/submit_script.sl
</pre>

=== Zlecanie zadań interaktywnych ===
 
Zadania interaktywne możemy podzielić na dwie grupy:

:* zadanie interaktywne (praca w trybie tekstowym)
:* zadanie interaktywne z przekierowaniem X-ów (praca w trybie graficznym)

==== Zadanie interaktywne (praca w trybie tekstowym) ====
 
Zlecanie zadań interaktywnych jest bardzo proste i w najprostszym przypadku sprowadza się do wydania poniższego polecenia.

<pre>
srun --pty /bin/bash
</pre>

lub

<pre>
srun -u /bin/bash -i
</pre>

Pierwsze z podanych powyżej poleceń alokuje pseudo terminal dzięki czemu praca na zdalnej konsoli jest wygodniejsza. Niestety nie zawsze działa ono prawidłowo. W takim przypadku należy użyć drugiego polecenia.

==== Zadanie interaktywne (praca w trybie graficznym) ====
 
Zlecanie zadań interaktywnych w trybie graficznym jest nieco bardziej skomplikowane z punktu widzenia administratora systemu. Z punktu widzenia użytkownika wystarczy zalogować się na klaster z przekierowaniem X-ów (opcja -X)

<pre>
ssh -X bellis
</pre>

oraz uruchomić poniższe polecenie polecenie

<pre>
srun-interactive -N 1 -n 1
</pre>

== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==
 
Aby sprawdzić jakie zadania zostały zlecone przez użytkownika należy wykonać polecenie:
Przykład:
<pre>
squeue -u nazwa_uzytkownika
</pre>

== Usuwanie zadań ==

Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''scancel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.
 
Przykład:
<pre>
scancel numer_zadania
</pre>

Zlecanie zadań przez system kolejkowy SLURM

2016-01-05T12:33:14Z

Damian: /* Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego */

== Wstawianie zadań ==

Przed zleceniem zadania, należy je obudować w odpowiedni skrypt zrozumiały dla systemu kolejkowego, np.:
<pre>
/home/users/user/submit_script.sl
</pre>
Przykładowy skrypt SLURM:
<pre>
#!/bin/bash -l
#SBATCH -N 1
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.exe >/sciezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>

Aby zlecić zadanie do konkretnej kolejki używamy parametru #SBATCH -p np.
<pre>
#!/bin/bash -l
#SBATCH -N 1
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00
#SBATCH -p long

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.exe >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Zadanie należy następnie zlecić komendą '''sbatch'''
<pre>
sbatch /home/users/user/submit_script.sl
</pre>

=== Zlecanie zadań interaktywnych ===
 
Zadania interaktywne możemy podzielić na dwie grupy:

:* zadanie interaktywne (praca w trybie tekstowym)
:* zadanie interaktywne z przekierowaniem X-ów (praca w trybie graficznym)

==== Zadanie interaktywne (praca w trybie tekstowym) ====
 
Zlecanie zadań interaktywnych jest bardzo proste i w najprostszym przypadku sprowadza się do wydania poniższego polecenia.

<pre>
srun --pty /bin/bash
</pre>

lub

<pre>
srun -u /bin/bash -i
</pre>

Pierwsze z podanych powyżej poleceń alokuje pseudo terminal dzięki czemu praca na zdalnej konsoli jest wygodniejsza. Niestety nie zawsze działa ono prawidłowo. W takim przypadku należy użyć drugiego polecenia.

==== Zadanie interaktywne (praca w trybie graficznym) ====
 
Zlecanie zadań interaktywnych w trybie graficznym jest nieco bardziej skomplikowane z punktu widzenia administratora systemu. Z punktu widzenia użytkownika wystarczy zalogować się na klaster z przekierowaniem X-ów (opcja -X)

<pre>
ssh -X bellis
</pre>

oraz uruchomić poniższe polecenie polecenie

<pre>
srun-interactive -N 1 -n 1
</pre>

== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==
 
Aby sprawdzić jakie zadania zostały zlecone przez użytkownika należy wykonać polecenie:
Przykład:
<pre>
squeue -u nazwa_uzytkownika
</pre>

== Usuwanie zadań ==

Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''scancel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.
 
Przykład:
<pre>
scancel numer_zadania
</pre>

Zlecanie zadań przez system kolejkowy SLURM

2016-01-05T12:33:05Z

Damian: /* zadanie interaktywne (praca w trybie graficznym) */

== Wstawianie zadań ==

Przed zleceniem zadania, należy je obudować w odpowiedni skrypt zrozumiały dla systemu kolejkowego, np.:
<pre>
/home/users/user/submit_script.sl
</pre>
Przykładowy skrypt SLURM:
<pre>
#!/bin/bash -l
#SBATCH -N 1
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.exe >/sciezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>

Aby zlecić zadanie do konkretnej kolejki używamy parametru #SBATCH -p np.
<pre>
#!/bin/bash -l
#SBATCH -N 1
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00
#SBATCH -p long

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.exe >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Zadanie należy następnie zlecić komendą '''sbatch'''
<pre>
sbatch /home/users/user/submit_script.sl
</pre>

=== Zlecanie zadań interaktywnych ===
 
Zadania interaktywne możemy podzielić na dwie grupy:

:* zadanie interaktywne (praca w trybie tekstowym)
:* zadanie interaktywne z przekierowaniem X-ów (praca w trybie graficznym)

==== Zadanie interaktywne (praca w trybie tekstowym) ====
 
Zlecanie zadań interaktywnych jest bardzo proste i w najprostszym przypadku sprowadza się do wydania poniższego polecenia.

<pre>
srun --pty /bin/bash
</pre>

lub

<pre>
srun -u /bin/bash -i
</pre>

Pierwsze z podanych powyżej poleceń alokuje pseudo terminal dzięki czemu praca na zdalnej konsoli jest wygodniejsza. Niestety nie zawsze działa ono prawidłowo. W takim przypadku należy użyć drugiego polecenia.

==== Zadanie interaktywne (praca w trybie graficznym) ====
 
Zlecanie zadań interaktywnych w trybie graficznym jest nieco bardziej skomplikowane z punktu widzenia administratora systemu. Z punktu widzenia użytkownika wystarczy zalogować się na klaster z przekierowaniem X-ów (opcja -X)

<pre>
ssh -X bellis
</pre>

oraz uruchomić poniższe polecenie polecenie

<pre>
srun-interactive -N 1 -n 1
</pre>

== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==

Aby sprawdzić jakie zadania zostały zlecone przez użytkownika należy wykonać polecenie:
Przykład:
<pre>
squeue -u nazwa_uzytkownika
</pre>

== Usuwanie zadań ==

Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''scancel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.
 
Przykład:
<pre>
scancel numer_zadania
</pre>

Zlecanie zadań przez system kolejkowy SLURM

2016-01-05T12:32:53Z

Damian: /* zadanie interaktywne (praca w trybie tekstowym) */

== Wstawianie zadań ==

Przed zleceniem zadania, należy je obudować w odpowiedni skrypt zrozumiały dla systemu kolejkowego, np.:
<pre>
/home/users/user/submit_script.sl
</pre>
Przykładowy skrypt SLURM:
<pre>
#!/bin/bash -l
#SBATCH -N 1
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.exe >/sciezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>

Aby zlecić zadanie do konkretnej kolejki używamy parametru #SBATCH -p np.
<pre>
#!/bin/bash -l
#SBATCH -N 1
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00
#SBATCH -p long

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.exe >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Zadanie należy następnie zlecić komendą '''sbatch'''
<pre>
sbatch /home/users/user/submit_script.sl
</pre>

=== Zlecanie zadań interaktywnych ===
 
Zadania interaktywne możemy podzielić na dwie grupy:

:* zadanie interaktywne (praca w trybie tekstowym)
:* zadanie interaktywne z przekierowaniem X-ów (praca w trybie graficznym)

==== Zadanie interaktywne (praca w trybie tekstowym) ====
 
Zlecanie zadań interaktywnych jest bardzo proste i w najprostszym przypadku sprowadza się do wydania poniższego polecenia.

<pre>
srun --pty /bin/bash
</pre>

lub

<pre>
srun -u /bin/bash -i
</pre>

Pierwsze z podanych powyżej poleceń alokuje pseudo terminal dzięki czemu praca na zdalnej konsoli jest wygodniejsza. Niestety nie zawsze działa ono prawidłowo. W takim przypadku należy użyć drugiego polecenia.

==== zadanie interaktywne (praca w trybie graficznym) ====

Zlecanie zadań interaktywnych w trybie graficznym jest nieco bardziej skomplikowane z punktu widzenia administratora systemu. Z punktu widzenia użytkownika wystarczy zalogować się na klaster z przekierowaniem X-ów (opcja -X)

<pre>
ssh -X bellis
</pre>

oraz uruchomić poniższe polecenie polecenie

<pre>
srun-interactive -N 1 -n 1
</pre>

== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==

Aby sprawdzić jakie zadania zostały zlecone przez użytkownika należy wykonać polecenie:
Przykład:
<pre>
squeue -u nazwa_uzytkownika
</pre>

== Usuwanie zadań ==

Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''scancel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.
 
Przykład:
<pre>
scancel numer_zadania
</pre>

Zlecanie zadań przez system kolejkowy SLURM

2016-01-05T12:32:33Z

Damian: /* Zlecanie zadań intearktywnych */

== Wstawianie zadań ==

Przed zleceniem zadania, należy je obudować w odpowiedni skrypt zrozumiały dla systemu kolejkowego, np.:
<pre>
/home/users/user/submit_script.sl
</pre>
Przykładowy skrypt SLURM:
<pre>
#!/bin/bash -l
#SBATCH -N 1
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.exe >/sciezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>

Aby zlecić zadanie do konkretnej kolejki używamy parametru #SBATCH -p np.
<pre>
#!/bin/bash -l
#SBATCH -N 1
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00
#SBATCH -p long

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.exe >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Zadanie należy następnie zlecić komendą '''sbatch'''
<pre>
sbatch /home/users/user/submit_script.sl
</pre>

=== Zlecanie zadań interaktywnych ===
 
Zadania interaktywne możemy podzielić na dwie grupy:

:* zadanie interaktywne (praca w trybie tekstowym)
:* zadanie interaktywne z przekierowaniem X-ów (praca w trybie graficznym)

==== zadanie interaktywne (praca w trybie tekstowym) ====

Zlecanie zadań interaktywnych jest bardzo proste i w najprostszym przypadku sprowadza się do wydania poniższego polecenia.

<pre>
srun --pty /bin/bash
</pre>

lub

<pre>
srun -u /bin/bash -i
</pre>

Pierwsze z podanych powyżej poleceń alokuje pseudo terminal dzięki czemu praca na zdalnej konsoli jest wygodniejsza. Niestety nie zawsze działa ono prawidłowo. W takim przypadku należy użyć drugiego polecenia.

==== zadanie interaktywne (praca w trybie graficznym) ====

Zlecanie zadań interaktywnych w trybie graficznym jest nieco bardziej skomplikowane z punktu widzenia administratora systemu. Z punktu widzenia użytkownika wystarczy zalogować się na klaster z przekierowaniem X-ów (opcja -X)

<pre>
ssh -X bellis
</pre>

oraz uruchomić poniższe polecenie polecenie

<pre>
srun-interactive -N 1 -n 1
</pre>

== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==

Aby sprawdzić jakie zadania zostały zlecone przez użytkownika należy wykonać polecenie:
Przykład:
<pre>
squeue -u nazwa_uzytkownika
</pre>

== Usuwanie zadań ==

Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''scancel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.
 
Przykład:
<pre>
scancel numer_zadania
</pre>

Zlecanie zadań przez system kolejkowy SLURM

2016-01-05T12:18:20Z

Damian: /* Wstawianie zadań */

== Wstawianie zadań ==

Przed zleceniem zadania, należy je obudować w odpowiedni skrypt zrozumiały dla systemu kolejkowego, np.:
<pre>
/home/users/user/submit_script.sl
</pre>
Przykładowy skrypt SLURM:
<pre>
#!/bin/bash -l
#SBATCH -N 1
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.exe >/sciezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>

Aby zlecić zadanie do konkretnej kolejki używamy parametru #SBATCH -p np.
<pre>
#!/bin/bash -l
#SBATCH -N 1
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00
#SBATCH -p long

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.exe >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Zadanie należy następnie zlecić komendą '''sbatch'''
<pre>
sbatch /home/users/user/submit_script.sl
</pre>

=== Zlecanie zadań intearktywnych ===

Zadania interaktywne możemy podzielić na dwie grupy:

:* zadanie interaktywne (praca w trybie tekstowym)
:* zadanie interaktywne z przekierowaniem X-ów (praca w trbie graficznym)

==== zadanie interaktywne (praca w trybie tekstowym) ====

Zlecanie zadań interaktywnych jest bardzo proste i w najprostrzym przypadku sprowadza się do wydania poniższego polecenia.

<pre>
srun --pty /bin/bash
</pre>

lub

<pre>
srun -u /bin/bash -i
</pre>

Pierwsze z podanych powyżej poleceń alokuje pseudo terminal dzięki czemu praca na zdalnej konsoli jest wygodniejsza. Niestety nie zawsze działa ono prawidłowo. W takim przypadku należy użyć drugiego polecenia.

==== zadanie interaktywne (praca w trybie graficznym) ====

Zlecanie zadań intwraktywnych w trybie graficznym jest nieco bardziej skomplikowane z punktu widzenia administratora systemu. Z punktu widzenia użytkownika wystarczy zalogować się na klaster z przekierowaniem X-ów (opcja -X)

<pre>
ssh -X bellis
</pre>

oraz uruchomić poniższe polecenie polecenie

<pre>
srun-interactive -N 1 -n 1
</pre>

== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==

Aby sprawdzić jakie zadania zostały zlecone przez użytkownika należy wykonać polecenie:
Przykład:
<pre>
squeue -u nazwa_uzytkownika
</pre>

== Usuwanie zadań ==

Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''scancel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.
 
Przykład:
<pre>
scancel numer_zadania
</pre>

Zlecanie zadań przez system kolejkowy PBS

2016-01-05T11:49:59Z

Damian: /* Sprawdzenie zadań na węźle */

== Zlecanie zadań ==

Przed zleceniem zadania, należy je obudować w odpowiedni skrypt zrozumiały dla systemu kolejkowego, np.:
<pre>
/home/users/username/submit_script.sh
</pre>
 
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l mem=1gb

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Powyższy skrypt rezerwuje dla zadania 2 procesory na jednym węźle obliczeniowym (#PBS -l nodes=1:ppn=2) oraz pamięć wielkości 1GB (#PBS -l mem=1gb).

Aby przypisać zadanie do konkretnej kolejki używamy parametru #PBS -q np.
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -q standard
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l mem=1gb

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Zadanie należy następnie zlecić komendą '''qsub'''
<pre>
qsub /home/users/username/submit_script.sh
</pre>

== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==
Do sprawdzenia stanu kolejki służy polecenie qstat. Można korzystać z następujących jego parametrów:
<li>-r - pokazuje uruchomione zadania
<li>-i - pokazuje zadania oczekujące
<li>-u - pokazuje zadania wybranego użytkownika
<li>-f - pokazuje szczegółowe informacje o zadaniach (lub zadaniu, jeżeli podamy jego identyfikator po parametrze)
 

Przykład:

<pre>
qstat -u nazwa_uzytkownika
</pre>

== Szeregowanie zadań ==

Użytkownik może zlecić zadanie do systemu kolejkowego nie podając żadnego oznaczenia co będzie skutkowało uruchomieniem zadania na dowolnym węźle obliczeniowym lub szeregować swoje zadania na poszczególne klasy węzłów używając wyżej wymienionych oznaczeń (properties). W tym celu w skrypcie zlecającym zadanie należy podać oznaczenie klasy węzłów, z której użytkownik chciałby skorzystać.

<pre>
#PBS -lnodes=1:ppn=1:<oznaczenie>
</pre>

Poniżej kilka przykładów.

* Zlecenie zadania na węzeł z dwiema kartami graficznymi

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:gpu2
</pre>

* Zlecenie zadania na węzły z procesorami haswell

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:haswell_2600mhz
</pre>

* Zlecenie zadania na węzły z procesorami nehalem

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:nehalem_2400mhz
</pre>

UWAGA: Zlecanie zadań na poszczególne klasy węzłów może skutkować tym, że użytkownik będzie dłużej czekał na wykonanie swoich zadań. Taka sytuacja może się zdarzyć w przypadku, gdy większa liczba użytkowników zleci zadania na daną klasę węzłów powodując, ze zadania będą czekały w kolejce pomimo wolnych zasobów na klastrze. W rezultacie zadanie uruchomione na węzłach z wolniejszymi procesorami może uruchomić się i policzyć szybciej niż zadanie zlecone na najszybsze procesory.

== Zadania interaktywne ==

Zadanie interaktywne pozwala użytkownikowi na uzyskanie powłoki (shell-a) na węźle obliczeniowym. Ponieważ kompilacja oraz uruchamianie wszelkich programów na maszynie dostępowej do klastra (ui.inula.man.poznan.pl) jest niedozwolone, zdania interaktywne są jednym ze sposobów, aby uruchomic oprogramowanie z graficznym interfejsem użytkownika (np. Matlab, Maple, itp.) lub skompilować swoją aplikację. Poniżej przedstawiony został przykład jak uruchomić zadanie w trybie interaktywnym.
 
'''Z linii poleceń'''
 
Najprostszym sposobem uruchomienia zadania interaktywnego jest wykonanie poniższego polecenia.

<pre>
[username@ui ~]$ qsub -I
qsub: waiting for job 102004.creamce.inula.man.poznan.pl to start
qsub: job 102004.creamce.inula.man.poznan.pl ready

[username@c085 ~]$
</pre>

Oczywiście można i w większości przypadków należy podać dodatkowe parametry do polecenia 'qsub' tj. ilość potrzebnych procesorów czy ilość potrzebnej pamięci.

== Sprawdzenie zadań na węźle ==

Aby sprawdzić na który aktualnie węźle liczy się nasze zadanie należy wykonać polecenie :
<pre>
qstat -n1 -u nazwa_uzytkownika
</pre>
Aby zalogować się na węzeł na którym liczy się zadanie:
<pre>
ssh <wezel_obliczeniowy>
</pre>
Wylistowanie katalogu zadania:

<pre>
ls -ali /tmp/lustre/<numer_zadania>.creamce.inula.man.poznan.pl
</pre>

== Usuwanie zadań ==

Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''qdel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.
 
Przykład:
<pre>
qdel numer_zadania
</pre>

Zlecanie zadań przez system kolejkowy PBS

2016-01-05T11:48:06Z

Damian: /* Sprawdzenie zadań na węźle */

== Zlecanie zadań ==

Przed zleceniem zadania, należy je obudować w odpowiedni skrypt zrozumiały dla systemu kolejkowego, np.:
<pre>
/home/users/username/submit_script.sh
</pre>
 
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l mem=1gb

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Powyższy skrypt rezerwuje dla zadania 2 procesory na jednym węźle obliczeniowym (#PBS -l nodes=1:ppn=2) oraz pamięć wielkości 1GB (#PBS -l mem=1gb).

Aby przypisać zadanie do konkretnej kolejki używamy parametru #PBS -q np.
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -q standard
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l mem=1gb

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Zadanie należy następnie zlecić komendą '''qsub'''
<pre>
qsub /home/users/username/submit_script.sh
</pre>

== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==
Do sprawdzenia stanu kolejki służy polecenie qstat. Można korzystać z następujących jego parametrów:
<li>-r - pokazuje uruchomione zadania
<li>-i - pokazuje zadania oczekujące
<li>-u - pokazuje zadania wybranego użytkownika
<li>-f - pokazuje szczegółowe informacje o zadaniach (lub zadaniu, jeżeli podamy jego identyfikator po parametrze)
 

Przykład:

<pre>
qstat -u nazwa_uzytkownika
</pre>

== Szeregowanie zadań ==

Użytkownik może zlecić zadanie do systemu kolejkowego nie podając żadnego oznaczenia co będzie skutkowało uruchomieniem zadania na dowolnym węźle obliczeniowym lub szeregować swoje zadania na poszczególne klasy węzłów używając wyżej wymienionych oznaczeń (properties). W tym celu w skrypcie zlecającym zadanie należy podać oznaczenie klasy węzłów, z której użytkownik chciałby skorzystać.

<pre>
#PBS -lnodes=1:ppn=1:<oznaczenie>
</pre>

Poniżej kilka przykładów.

* Zlecenie zadania na węzeł z dwiema kartami graficznymi

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:gpu2
</pre>

* Zlecenie zadania na węzły z procesorami haswell

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:haswell_2600mhz
</pre>

* Zlecenie zadania na węzły z procesorami nehalem

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:nehalem_2400mhz
</pre>

UWAGA: Zlecanie zadań na poszczególne klasy węzłów może skutkować tym, że użytkownik będzie dłużej czekał na wykonanie swoich zadań. Taka sytuacja może się zdarzyć w przypadku, gdy większa liczba użytkowników zleci zadania na daną klasę węzłów powodując, ze zadania będą czekały w kolejce pomimo wolnych zasobów na klastrze. W rezultacie zadanie uruchomione na węzłach z wolniejszymi procesorami może uruchomić się i policzyć szybciej niż zadanie zlecone na najszybsze procesory.

== Zadania interaktywne ==

Zadanie interaktywne pozwala użytkownikowi na uzyskanie powłoki (shell-a) na węźle obliczeniowym. Ponieważ kompilacja oraz uruchamianie wszelkich programów na maszynie dostępowej do klastra (ui.inula.man.poznan.pl) jest niedozwolone, zdania interaktywne są jednym ze sposobów, aby uruchomic oprogramowanie z graficznym interfejsem użytkownika (np. Matlab, Maple, itp.) lub skompilować swoją aplikację. Poniżej przedstawiony został przykład jak uruchomić zadanie w trybie interaktywnym.
 
'''Z linii poleceń'''
 
Najprostszym sposobem uruchomienia zadania interaktywnego jest wykonanie poniższego polecenia.

<pre>
[username@ui ~]$ qsub -I
qsub: waiting for job 102004.creamce.inula.man.poznan.pl to start
qsub: job 102004.creamce.inula.man.poznan.pl ready

[username@c085 ~]$
</pre>

Oczywiście można i w większości przypadków należy podać dodatkowe parametry do polecenia 'qsub' tj. ilość potrzebnych procesorów czy ilość potrzebnej pamięci.

== Sprawdzenie zadań na węźle ==

Aby sprawdzić na który aktualnie węźle liczy się nasze zadanie należy wykonać polencie :
<pre>
qstat -n1 -u nazwa_uzytkownika
</pre>
Aby zalogować się na węzeł na którym liczy się zadanie:
<pre>
ssh <wezel_obliczeniowy>
</pre>
Wylistowanie katalogu zadania:

<pre>
ls -ali /tmp/lustre/<numer_zadania>.creamce.inula.man.poznan.pl
</pre>

== Usuwanie zadań ==

Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''qdel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.
 
Przykład:
<pre>
qdel numer_zadania
</pre>

Zlecanie zadań przez system kolejkowy PBS

2016-01-05T11:24:53Z

Damian: /* Zadania interaktywne */

== Zlecanie zadań ==

Przed zleceniem zadania, należy je obudować w odpowiedni skrypt zrozumiały dla systemu kolejkowego, np.:
<pre>
/home/users/username/submit_script.sh
</pre>
 
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l mem=1gb

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Powyższy skrypt rezerwuje dla zadania 2 procesory na jednym węźle obliczeniowym (#PBS -l nodes=1:ppn=2) oraz pamięć wielkości 1GB (#PBS -l mem=1gb).

Aby przypisać zadanie do konkretnej kolejki używamy parametru #PBS -q np.
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -q standard
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l mem=1gb

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Zadanie należy następnie zlecić komendą '''qsub'''
<pre>
qsub /home/users/username/submit_script.sh
</pre>

== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==
Do sprawdzenia stanu kolejki służy polecenie qstat. Można korzystać z następujących jego parametrów:
<li>-r - pokazuje uruchomione zadania
<li>-i - pokazuje zadania oczekujące
<li>-u - pokazuje zadania wybranego użytkownika
<li>-f - pokazuje szczegółowe informacje o zadaniach (lub zadaniu, jeżeli podamy jego identyfikator po parametrze)
 

Przykład:

<pre>
qstat -u nazwa_uzytkownika
</pre>

== Szeregowanie zadań ==

Użytkownik może zlecić zadanie do systemu kolejkowego nie podając żadnego oznaczenia co będzie skutkowało uruchomieniem zadania na dowolnym węźle obliczeniowym lub szeregować swoje zadania na poszczególne klasy węzłów używając wyżej wymienionych oznaczeń (properties). W tym celu w skrypcie zlecającym zadanie należy podać oznaczenie klasy węzłów, z której użytkownik chciałby skorzystać.

<pre>
#PBS -lnodes=1:ppn=1:<oznaczenie>
</pre>

Poniżej kilka przykładów.

* Zlecenie zadania na węzeł z dwiema kartami graficznymi

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:gpu2
</pre>

* Zlecenie zadania na węzły z procesorami haswell

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:haswell_2600mhz
</pre>

* Zlecenie zadania na węzły z procesorami nehalem

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:nehalem_2400mhz
</pre>

UWAGA: Zlecanie zadań na poszczególne klasy węzłów może skutkować tym, że użytkownik będzie dłużej czekał na wykonanie swoich zadań. Taka sytuacja może się zdarzyć w przypadku, gdy większa liczba użytkowników zleci zadania na daną klasę węzłów powodując, ze zadania będą czekały w kolejce pomimo wolnych zasobów na klastrze. W rezultacie zadanie uruchomione na węzłach z wolniejszymi procesorami może uruchomić się i policzyć szybciej niż zadanie zlecone na najszybsze procesory.

== Zadania interaktywne ==

Zadanie interaktywne pozwala użytkownikowi na uzyskanie powłoki (shell-a) na węźle obliczeniowym. Ponieważ kompilacja oraz uruchamianie wszelkich programów na maszynie dostępowej do klastra (ui.inula.man.poznan.pl) jest niedozwolone, zdania interaktywne są jednym ze sposobów, aby uruchomic oprogramowanie z graficznym interfejsem użytkownika (np. Matlab, Maple, itp.) lub skompilować swoją aplikację. Poniżej przedstawiony został przykład jak uruchomić zadanie w trybie interaktywnym.
 
'''Z linii poleceń'''
 
Najprostszym sposobem uruchomienia zadania interaktywnego jest wykonanie poniższego polecenia.

<pre>
[username@ui ~]$ qsub -I
qsub: waiting for job 102004.creamce.inula.man.poznan.pl to start
qsub: job 102004.creamce.inula.man.poznan.pl ready

[username@c085 ~]$
</pre>

Oczywiście można i w większości przypadków należy podać dodatkowe parametry do polecenia 'qsub' tj. ilość potrzebnych procesorów czy ilość potrzebnej pamięci.

== Sprawdzenie zadań na węźle ==

Aby sprawdzić na który aktualnie węźle liczy się nasze zadania należy wykonać polencie :
<pre>
qstat -n1 -u nazwa_uzytkownika
</pre>
Aby zalogować się na węzeł na którym liczy się zadanie:
<pre>
ssh <wezel_obliczeniowy>
</pre>
Wylistowanie katalogu zadania:

<pre>
ls -ali /tmp/lustre/<numer_zadania>.creamce.inula.man.poznan.pl
</pre>

== Usuwanie zadań ==

Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''qdel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.
 
Przykład:
<pre>
qdel numer_zadania
</pre>

Zlecanie zadań przez system kolejkowy PBS

2015-12-23T14:08:17Z

Damian: /* Szeregowanie zadań */

== Zlecanie zadań ==

Przed zleceniem zadania, należy je obudować w odpowiedni skrypt zrozumiały dla systemu kolejkowego, np.:
<pre>
/home/users/username/submit_script.sh
</pre>
 
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l mem=1gb

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Powyższy skrypt rezerwuje dla zadania 2 procesory na jednym węźle obliczeniowym (#PBS -l nodes=1:ppn=2) oraz pamięć wielkości 1GB (#PBS -l mem=1gb).

Aby przypisać zadanie do konkretnej kolejki używamy parametru #PBS -q np.
<pre>
#!/bin/bash
#PBS -q standard
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l mem=1gb

/sciezka/do/pliku/binarnego/plik_binarny.in >/siezka/do/pliku/wyjsciowego.out
</pre>
Zadanie należy następnie zlecić komendą '''qsub'''
<pre>
qsub /home/users/username/submit_script.sh
</pre>

== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==
Do sprawdzenia stanu kolejki służy polecenie qstat. Można korzystać z następujących jego parametrów:
<li>-r - pokazuje uruchomione zadania
<li>-i - pokazuje zadania oczekujące
<li>-u - pokazuje zadania wybranego użytkownika
<li>-f - pokazuje szczegółowe informacje o zadaniach (lub zadaniu, jeżeli podamy jego identyfikator po parametrze)
 

Przykład:

<pre>
qstat -u nazwa_uzytkownika
</pre>

== Szeregowanie zadań ==

Użytkownik może zlecić zadanie do systemu kolejkowego nie podając żadnego oznaczenia co będzie skutkowało uruchomieniem zadania na dowolnym węźle obliczeniowym lub szeregować swoje zadania na poszczególne klasy węzłów używając wyżej wymienionych oznaczeń (properties). W tym celu w skrypcie zlecającym zadanie należy podać oznaczenie klasy węzłów, z której użytkownik chciałby skorzystać.

<pre>
#PBS -lnodes=1:ppn=1:<oznaczenie>
</pre>

Poniżej kilka przykładów.

* Zlecenie zadania na węzeł z dwiema kartami graficznymi

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:gpu2
</pre>

* Zlecenie zadania na węzły z procesorami haswell

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:haswell_2600mhz
</pre>

* Zlecenie zadania na węzły z procesorami nehalem

<pre>
#PBS -l nodes=1:ppn=1:nehalem_2400mhz
</pre>

UWAGA: Zlecanie zadań na poszczególne klasy węzłów może skutkować tym, że użytkownik będzie dłużej czekał na wykonanie swoich zadań. Taka sytuacja może się zdarzyć w przypadku, gdy większa liczba użytkowników zleci zadania na daną klasę węzłów powodując, ze zadania będą czekały w kolejce pomimo wolnych zasobów na klastrze. W rezultacie zadanie uruchomione na węzłach z wolniejszymi procesorami może uruchomić się i policzyć szybciej niż zadanie zlecone na najszybsze procesory.

== Zadania interaktywne ==

Zadanie interaktywne pozwala użytkownikowi na uzyskanie powłoki (shell-a) na węźle obliczeniowym. Ponieważ kompilacja oraz uruchamianie wszelkich programów na maszynie dostępowej do klastra (ui.inula.man.poznan.pl) jest niedozwolone, zdania interaktywne są jednym ze sposobów, aby uruchomic oprogramowanie z graficznym interfejsem użytkownika (np. Matlab, Maple, itp.) lub skompilować swoją aplikację. Poniżej przedstawiony został przykład jak uruchomić zadanie w trybie interaktywnym.
 
'''Z linii poleceń'''
 
Najprostrzym sposobem uruchomienia zadania interaktywnego jest wykonanie poniższego polecenia.

<pre>
[username@ui ~]$ qsub -I
qsub: waiting for job 102004.creamce.inula.man.poznan.pl to start
qsub: job 102004.creamce.inula.man.poznan.pl ready

[username@c085 ~]$
</pre>

Oczywiście można i w większości przypadków należy podać dodatkowe parametry do polecenia 'qsub' tj. ilość potrzebnych procesorów czy ilość potrzebnej pamięci.

== Sprawdzenie zadań na węźle ==

Aby sprawdzić na który aktualnie węźle liczy się nasze zadania należy wykonać polencie :
<pre>
qstat -n1 -u nazwa_uzytkownika
</pre>
Aby zalogować się na węzeł na którym liczy się zadanie:
<pre>
ssh <wezel_obliczeniowy>
</pre>
Wylistowanie katalogu zadania:

<pre>
ls -ali /tmp/lustre/<numer_zadania>.creamce.inula.man.poznan.pl
</pre>

== Usuwanie zadań ==

Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''qdel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.
 
Przykład:
<pre>
qdel numer_zadania
</pre>

Job submission via PBS

2015-12-23T13:32:34Z

Damian: Przekierowanie do Zlecanie zadań przez system kolejkowy PBS

#REDIRECT [[Zlecanie_zadań_przez_system_kolejkowy_PBS]]

Basic information

2015-12-23T13:29:35Z

Damian: Przekierowanie do Podstawowe informacje

#REDIRECT [[Podstawowe_informacje]]

User Guide

2015-12-23T13:29:02Z

Damian: Przekierowanie do Podręcznik użytkownika

#REDIRECT [[Podręcznik_użytkownika]]

Software

2015-12-23T13:11:35Z

Damian: Przekierowanie do Oprogramowanie

#REDIRECT [[Oprogramowanie]]

MediaWiki:Erudite.css

2015-12-23T13:11:10Z

Damian:

$wgHooks['SkinTemplateSetupPageCss'][] = 'wfHideVariousTabsFromAnonymous';

function wfHideVariousTabsFromAnonymous( &$hidetabcss ) {
global $wgUser;

if ( !$wgUser->isLoggedIn() ) {
$hidetabcss .= '.nav-meta { display: none !important; } ';
}

return true;
}

a {
color: #01588e;
}

a:hover {
color: #01588e;
text-decoration: none;
}

a:visited {

color: #01588e;
}

a.new {

color: #01588e;

}

#nav {
border-left-style: none;
border-right-style: none;
}

#menu {
border-top-right-radius: 20px;
border-top-left-radius: 20px;
font-size: 18px;
}

/* changing header - title
#top-wrap h1 {
text-decoration: none;
font-size: 3em;
line-height: 1.3;
}*/
body {
/* font-family: Helvetica, sans-serif; */
font-family: Arial, sans-serif;
font-size: 15px;
background: #fafafa url(images/kdm/0/06/Test2.png);

}
/*

*/

#bannertable {
width:100%;
vertical-align:middle;
}
#bannerpcss {
text-align: center;
vertical-align: bottom;
font-size:2em;
}
#bannernazwa {
text-align: center;
vertical-align: top;
font-size:1em;
}
#bannerlogo {
text-align: right;
width: 20%;
}
#bannerlogo img {
width:160px
}

#top-wrap {
background-image: url(images/kdm/4/4d/Test1.png);

}

#bottom-wrap {
background-image: url(images/kdm/4/4d/Test1.png);

}

pre{
display: block;
color:black;
padding: 15px;
/*background-color:WhiteSmoke; */
background-color: #eaf0ff;
border:1px
solid LightGray;
font-family: monospace;
font-size: 15px;
}

#customers {
width: 100%;
border-collapse: collapse;
font-size: 15px;
}

#customers td, #customers th {
font-size: 1em;
/* border: 1px solid LightGray; */
border: 1px solid #eaf0ff;
padding: 3px 7px 2px 7px;
}

#customers th {
font-size: 1.1em;
text-align: left;
padding-top: 5px;
padding-bottom: 4px;
/* background-color: Grey;*/
background-color: #01588e;
color: #ffffff;
}

li#flag {
float: right;
}

#flaga img {
width:45px;
float:right;
padding:0;
margin-bottom: 0;
position: absolute;
}

#customers tr.alt td {

/*background-color:WhiteSmoke; */
background-color: #eaf0ff;
}

#footer{ display: none !important; }
#nav-meta { display: none !important; }

.subtitle {
display: none;
}

Trainings

2015-12-23T13:10:15Z

Damian: Przekierowanie do Szkolenia

#REDIRECT [[Szkolenia]]

Podstawowe informacje

2015-12-23T12:17:38Z

Damian: /* Dodatkowe informacje */

{{DISPLAYTITLE:Podręcznik użytkownika}}
'''INULA'''

== Informacje ==

Na klastrze inula użytkownicy mogą korzystać z kilku kolejek w zależności od rodzaju uruchamianego zadania oraz przynależności do projektów. Poniżej przestawione zostały wszystkie dostępne kolejki na klastrze inula.

== Kolejki ==

Kolejki zostały podzielone na następujące grupy

* glite - są to kolejki przeznaczone dla VO ops i VO dteam
* plgrid - są to kolejki przeznaczone dla projektu PL-GRID -> https://docs.plgrid.pl/pages/viewpage.action?pageId=4260885

* lokalne - są to kolejki przeznaczone dla użytkowników lokalnych
* specjalne - są to kolejki specjalnego przeznaczenia (routing, zarządzanie infrastrukturą)

== Moduły ==

== Informacje ogólne ==

Standardową metoda wykorzystywaną do zarządzania środowiskiem użytkownika na klastrach (Inula, Reef) są moduły. Podejście oprate na modułach powoduje, że użytkownik nie musi określać ścieżek dla różnych wersji aplikacji oraz dbać o ustawienie zależnych zmiennych środowkiskowych. Wystarczy, że użytkownik 'załaduje' moduł powiązany z daną aplikacją, aby wszystkie wymagane zmienne śrdowiskowe (PATH, LD_LIBRARY_PATH, INCLUDE i in.) zostały ustawione w środowisku użytkownika. Jeżeli użytkownik chce skorzystać z innej wersji aplikacji wystarczy, że 'odładuje' moduł powiązany ze starą aplikacja i 'załaduje' moduł powiązany z nową wersją.

== Podstawy korzystania ==

=== Wyświetlenie listy załadowanych modułów ===

W celu wyświetlenia listy załadowanych modułów należy użyć poniższego polecenia.

<pre>
module list
</pre>

Przykładowy wynik tego polecenia został pokazany poniżej.

<pre>
[username@hostname ~]$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) open64-4.2.5.2
</pre>

=== Wyświetlenie listy dostępnych modułów ===

W celu wyświetlenia listy wszystkich dostępnych dla danego użytkownika modułów należy użyć poniższego polecenia.

<pre>
module avail
</pre>

Przykładowy wynik tego polecenia został pokazany poniżej.

<pre>
[username@hostname ~]$ module avail

----------- /usr/share/Modules/PSNC/Development/Languages -----------
open64-4.2.5.2

----------- /usr/share/Modules/PSNC/Development/Libraries -----------
openmpi-gcc-x86_64 openmpi-opencc-x86_64
</pre>

=== Wyświetlenie dodatkowych informacji na temat modułu ===

Aby wyświetlić dodatkowe informacje na temat danego modułu należy użyć następującego polecenia.

<pre>
module help <nazwa_modulu>
</pre>

Poniżej przykład wywołania polecenia dla modułu 'open64-4.2.5.2'.

<pre>
[username@hostname ~]$ module help open64-4.2.5.2

----------- Module Specific Help for 'open64-4.2.5.2' ---------------------------

Name: AMD x86 Open64 Compiler Suite
Version: 4.2.5.2
Platform: x86_64
Category: Development/Languages
URL http://developer.amd.com
Provides: opencc, openCC, openf90, openf95

Description:

The x86 Open64 compiler system is a high performance, production
quality code generation tool designed for high performance parallel
computing workloads. The x86 Open64 environment provides the developer
the essential choices when building and optimizing C, C++, and Fortran
applications targeting 32-bit and 64-bit Linux platforms.

The x86 Open64 compiler system offers a high level of advanced
optimizations, multi-threading, and processor support that includes
global optimization, vectorization, interprocedural analysis, feedback
directed optimizations, loop transformations, and code generation
which extracts the optimal performance from each x86 processor core.

man pages: no
Restrictions: none

-------------------------------------------------------------------------------
</pre>

=== Załadowanie modułu ===

Załadowanie nowego modułu odbywa się pomocą poniższego polecenia.

<pre>
module load <nazwa_modulu>
</pre>

=== Wyładowanie modułu ===

Wyładowanie modułu odbywa się pomocą poniższego polecenia.

<pre>
module unload <nazwa_modulu>
</pre>

=== Sprawdzenie jakie zmienne środowiskowe są modyfikowane przez dany moduł ===

W celu uzyskania informacji o tym, które zmienne środowiskowe są modyfikowane przez dany moduł można posłużyć się następującym poleceniem.

<pre>
module show <nazwa_modulu>
</pre>

Przykładowy wynik polecenia przedstawiony został poniżej.

<pre>
[username@hostname ~]$ module show open64-4.2.5.2
-------------------------------------------------------------------
/usr/share/Modules/PSNC/Development/Languages/open64-4.2.5.2:

module-whatis AMD x86 Open64 Compiler Suite, 4.2.5.2
setenv open64_root /opt/x86_open64-4.2.5.2
prepend-path PATH /opt/x86_open64-4.2.5.2/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH /opt/x86_open64-4.2.5.2/lib
prepend-path INCLUDE /opt/x86_open64-4.2.5.2/include
-------------------------------------------------------------------
</pre>

=== Personalizacja ustawień ===

W środowisku, w którym wykorzystywane są moduły użytkownik ma możliwość zadecydowania, które moduły będą załadowane po zalogowaniu się do systemu. W tym celu należy wyedytować plik ~/.bashrc lub ~/.bash_profile i dopisać odpowiednie linie. Poniżej zamieszczony został przykład, w którym do zmiennej MODULEPATH dodana została ścieżka do katalogu, w którym znajdują się moduły użytkownika oraz ładowany jest moduł kompilatora open64 w wersji 4.2.5.2.

<pre>
[username@hostname ~]$ cat ~/.bash_profile
...
# Environment Modules

# Prepend directory to the MODULEPATH environment variable.
module use --append $HOME/.modules/my_modules

# Modules loaded at login time.
module load open64-4.2.5.2
...
</pre>

=== Dodatkowe informacje ===

Dodatkowe informacje na temat używania modułów można znaleźć w podręczniku systemowym wydając jedno z poniższych poleceń.

<pre>
# Informaje na temat używania modułów
man module

# Informacje na temat pisania własnych modułów
man modulefile
</pre>

=== Wyświetlenie listy zadań ===

<pre>
squeue --long
</pre>

=== Wyświetlenie informacji o konkretnym zadaniu ===

<pre>
scontrol show job <job_id>
</pre>

Podstawowe informacje

2015-12-23T12:17:02Z

Damian: /* Personalizacja ustawień */

{{DISPLAYTITLE:Podręcznik użytkownika}}
'''INULA'''

== Informacje ==

Na klastrze inula użytkownicy mogą korzystać z kilku kolejek w zależności od rodzaju uruchamianego zadania oraz przynależności do projektów. Poniżej przestawione zostały wszystkie dostępne kolejki na klastrze inula.

== Kolejki ==

Kolejki zostały podzielone na następujące grupy

* glite - są to kolejki przeznaczone dla VO ops i VO dteam
* plgrid - są to kolejki przeznaczone dla projektu PL-GRID -> https://docs.plgrid.pl/pages/viewpage.action?pageId=4260885

* lokalne - są to kolejki przeznaczone dla użytkowników lokalnych
* specjalne - są to kolejki specjalnego przeznaczenia (routing, zarządzanie infrastrukturą)

== Moduły ==

== Informacje ogólne ==

Standardową metoda wykorzystywaną do zarządzania środowiskiem użytkownika na klastrach (Inula, Reef) są moduły. Podejście oprate na modułach powoduje, że użytkownik nie musi określać ścieżek dla różnych wersji aplikacji oraz dbać o ustawienie zależnych zmiennych środowkiskowych. Wystarczy, że użytkownik 'załaduje' moduł powiązany z daną aplikacją, aby wszystkie wymagane zmienne śrdowiskowe (PATH, LD_LIBRARY_PATH, INCLUDE i in.) zostały ustawione w środowisku użytkownika. Jeżeli użytkownik chce skorzystać z innej wersji aplikacji wystarczy, że 'odładuje' moduł powiązany ze starą aplikacja i 'załaduje' moduł powiązany z nową wersją.

== Podstawy korzystania ==

=== Wyświetlenie listy załadowanych modułów ===

W celu wyświetlenia listy załadowanych modułów należy użyć poniższego polecenia.

<pre>
module list
</pre>

Przykładowy wynik tego polecenia został pokazany poniżej.

<pre>
[username@hostname ~]$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) open64-4.2.5.2
</pre>

=== Wyświetlenie listy dostępnych modułów ===

W celu wyświetlenia listy wszystkich dostępnych dla danego użytkownika modułów należy użyć poniższego polecenia.

<pre>
module avail
</pre>

Przykładowy wynik tego polecenia został pokazany poniżej.

<pre>
[username@hostname ~]$ module avail

----------- /usr/share/Modules/PSNC/Development/Languages -----------
open64-4.2.5.2

----------- /usr/share/Modules/PSNC/Development/Libraries -----------
openmpi-gcc-x86_64 openmpi-opencc-x86_64
</pre>

=== Wyświetlenie dodatkowych informacji na temat modułu ===

Aby wyświetlić dodatkowe informacje na temat danego modułu należy użyć następującego polecenia.

<pre>
module help <nazwa_modulu>
</pre>

Poniżej przykład wywołania polecenia dla modułu 'open64-4.2.5.2'.

<pre>
[username@hostname ~]$ module help open64-4.2.5.2

----------- Module Specific Help for 'open64-4.2.5.2' ---------------------------

Name: AMD x86 Open64 Compiler Suite
Version: 4.2.5.2
Platform: x86_64
Category: Development/Languages
URL http://developer.amd.com
Provides: opencc, openCC, openf90, openf95

Description:

The x86 Open64 compiler system is a high performance, production
quality code generation tool designed for high performance parallel
computing workloads. The x86 Open64 environment provides the developer
the essential choices when building and optimizing C, C++, and Fortran
applications targeting 32-bit and 64-bit Linux platforms.

The x86 Open64 compiler system offers a high level of advanced
optimizations, multi-threading, and processor support that includes
global optimization, vectorization, interprocedural analysis, feedback
directed optimizations, loop transformations, and code generation
which extracts the optimal performance from each x86 processor core.

man pages: no
Restrictions: none

-------------------------------------------------------------------------------
</pre>

=== Załadowanie modułu ===

Załadowanie nowego modułu odbywa się pomocą poniższego polecenia.

<pre>
module load <nazwa_modulu>
</pre>

=== Wyładowanie modułu ===

Wyładowanie modułu odbywa się pomocą poniższego polecenia.

<pre>
module unload <nazwa_modulu>
</pre>

=== Sprawdzenie jakie zmienne środowiskowe są modyfikowane przez dany moduł ===

W celu uzyskania informacji o tym, które zmienne środowiskowe są modyfikowane przez dany moduł można posłużyć się następującym poleceniem.

<pre>
module show <nazwa_modulu>
</pre>

Przykładowy wynik polecenia przedstawiony został poniżej.

<pre>
[username@hostname ~]$ module show open64-4.2.5.2
-------------------------------------------------------------------
/usr/share/Modules/PSNC/Development/Languages/open64-4.2.5.2:

module-whatis AMD x86 Open64 Compiler Suite, 4.2.5.2
setenv open64_root /opt/x86_open64-4.2.5.2
prepend-path PATH /opt/x86_open64-4.2.5.2/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH /opt/x86_open64-4.2.5.2/lib
prepend-path INCLUDE /opt/x86_open64-4.2.5.2/include
-------------------------------------------------------------------
</pre>

=== Personalizacja ustawień ===

W środowisku, w którym wykorzystywane są moduły użytkownik ma możliwość zadecydowania, które moduły będą załadowane po zalogowaniu się do systemu. W tym celu należy wyedytować plik ~/.bashrc lub ~/.bash_profile i dopisać odpowiednie linie. Poniżej zamieszczony został przykład, w którym do zmiennej MODULEPATH dodana została ścieżka do katalogu, w którym znajdują się moduły użytkownika oraz ładowany jest moduł kompilatora open64 w wersji 4.2.5.2.

<pre>
[username@hostname ~]$ cat ~/.bash_profile
...
# Environment Modules

# Prepend directory to the MODULEPATH environment variable.
module use --append $HOME/.modules/my_modules

# Modules loaded at login time.
module load open64-4.2.5.2
...
</pre>

=== Dodatkowe informacje ===

Dodatkowe informacje na temat używania modułów można znaleźć w podręczniku systemowym wydając jedno z poniższych poleceń.

<pre>
# Informaje na temat uzywania modulow
man module

# Informaje na temat pisania wlasnych modulow
man modulefile
</pre>

=== Wyświetlenie listy zadań ===

<pre>
squeue --long
</pre>

=== Wyświetlenie informacji o konkretnym zadaniu ===

<pre>
scontrol show job <job_id>
</pre>

Podstawowe informacje

2015-12-23T12:16:40Z

Damian: /* Wyświetlenie dodatkowych informacji na temat modułu */

{{DISPLAYTITLE:Podręcznik użytkownika}}
'''INULA'''

== Informacje ==

Na klastrze inula użytkownicy mogą korzystać z kilku kolejek w zależności od rodzaju uruchamianego zadania oraz przynależności do projektów. Poniżej przestawione zostały wszystkie dostępne kolejki na klastrze inula.

== Kolejki ==

Kolejki zostały podzielone na następujące grupy

* glite - są to kolejki przeznaczone dla VO ops i VO dteam
* plgrid - są to kolejki przeznaczone dla projektu PL-GRID -> https://docs.plgrid.pl/pages/viewpage.action?pageId=4260885

* lokalne - są to kolejki przeznaczone dla użytkowników lokalnych
* specjalne - są to kolejki specjalnego przeznaczenia (routing, zarządzanie infrastrukturą)

== Moduły ==

== Informacje ogólne ==

Standardową metoda wykorzystywaną do zarządzania środowiskiem użytkownika na klastrach (Inula, Reef) są moduły. Podejście oprate na modułach powoduje, że użytkownik nie musi określać ścieżek dla różnych wersji aplikacji oraz dbać o ustawienie zależnych zmiennych środowkiskowych. Wystarczy, że użytkownik 'załaduje' moduł powiązany z daną aplikacją, aby wszystkie wymagane zmienne śrdowiskowe (PATH, LD_LIBRARY_PATH, INCLUDE i in.) zostały ustawione w środowisku użytkownika. Jeżeli użytkownik chce skorzystać z innej wersji aplikacji wystarczy, że 'odładuje' moduł powiązany ze starą aplikacja i 'załaduje' moduł powiązany z nową wersją.

== Podstawy korzystania ==

=== Wyświetlenie listy załadowanych modułów ===

W celu wyświetlenia listy załadowanych modułów należy użyć poniższego polecenia.

<pre>
module list
</pre>

Przykładowy wynik tego polecenia został pokazany poniżej.

<pre>
[username@hostname ~]$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) open64-4.2.5.2
</pre>

=== Wyświetlenie listy dostępnych modułów ===

W celu wyświetlenia listy wszystkich dostępnych dla danego użytkownika modułów należy użyć poniższego polecenia.

<pre>
module avail
</pre>

Przykładowy wynik tego polecenia został pokazany poniżej.

<pre>
[username@hostname ~]$ module avail

----------- /usr/share/Modules/PSNC/Development/Languages -----------
open64-4.2.5.2

----------- /usr/share/Modules/PSNC/Development/Libraries -----------
openmpi-gcc-x86_64 openmpi-opencc-x86_64
</pre>

=== Wyświetlenie dodatkowych informacji na temat modułu ===

Aby wyświetlić dodatkowe informacje na temat danego modułu należy użyć następującego polecenia.

<pre>
module help <nazwa_modulu>
</pre>

Poniżej przykład wywołania polecenia dla modułu 'open64-4.2.5.2'.

<pre>
[username@hostname ~]$ module help open64-4.2.5.2

----------- Module Specific Help for 'open64-4.2.5.2' ---------------------------

Name: AMD x86 Open64 Compiler Suite
Version: 4.2.5.2
Platform: x86_64
Category: Development/Languages
URL http://developer.amd.com
Provides: opencc, openCC, openf90, openf95

Description:

The x86 Open64 compiler system is a high performance, production
quality code generation tool designed for high performance parallel
computing workloads. The x86 Open64 environment provides the developer
the essential choices when building and optimizing C, C++, and Fortran
applications targeting 32-bit and 64-bit Linux platforms.

The x86 Open64 compiler system offers a high level of advanced
optimizations, multi-threading, and processor support that includes
global optimization, vectorization, interprocedural analysis, feedback
directed optimizations, loop transformations, and code generation
which extracts the optimal performance from each x86 processor core.

man pages: no
Restrictions: none

-------------------------------------------------------------------------------
</pre>

=== Załadowanie modułu ===

Załadowanie nowego modułu odbywa się pomocą poniższego polecenia.

<pre>
module load <nazwa_modulu>
</pre>

=== Wyładowanie modułu ===

Wyładowanie modułu odbywa się pomocą poniższego polecenia.

<pre>
module unload <nazwa_modulu>
</pre>

=== Sprawdzenie jakie zmienne środowiskowe są modyfikowane przez dany moduł ===

W celu uzyskania informacji o tym, które zmienne środowiskowe są modyfikowane przez dany moduł można posłużyć się następującym poleceniem.

<pre>
module show <nazwa_modulu>
</pre>

Przykładowy wynik polecenia przedstawiony został poniżej.

<pre>
[username@hostname ~]$ module show open64-4.2.5.2
-------------------------------------------------------------------
/usr/share/Modules/PSNC/Development/Languages/open64-4.2.5.2:

module-whatis AMD x86 Open64 Compiler Suite, 4.2.5.2
setenv open64_root /opt/x86_open64-4.2.5.2
prepend-path PATH /opt/x86_open64-4.2.5.2/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH /opt/x86_open64-4.2.5.2/lib
prepend-path INCLUDE /opt/x86_open64-4.2.5.2/include
-------------------------------------------------------------------
</pre>

=== Personalizacja ustawień ===

W środowisku, w którym wykorzystywne są moduły użytkownik ma możliwość zadecydowania, które moduły będą załadowane po zalogowaniu się do systemu. W tym celu należy wyedytować plik ~/.bashrc lub ~/.bash_profile i dopisać odpowiednie linie. Poniżej zamieszczony został przykład, w którym do zmiennej MODULEPATH dodana została ścieżka do katalogu, w którym znajdują się moduły użytkownika oraz ładowany jest moduł kompilatora open64 w wersji 4.2.5.2.

<pre>
[username@hostname ~]$ cat ~/.bash_profile
...
# Environment Modules

# Prepend directory to the MODULEPATH environment variable.
module use --append $HOME/.modules/my_modules

# Modules loaded at login time.
module load open64-4.2.5.2
...
</pre>

=== Dodatkowe informacje ===

Dodatkowe informacje na temat używania modułów można znaleźć w podręczniku systemowym wydając jedno z poniższych poleceń.

<pre>
# Informaje na temat uzywania modulow
man module

# Informaje na temat pisania wlasnych modulow
man modulefile
</pre>

=== Wyświetlenie listy zadań ===

<pre>
squeue --long
</pre>

=== Wyświetlenie informacji o konkretnym zadaniu ===

<pre>
scontrol show job <job_id>
</pre>

Podstawowe informacje

2015-12-23T12:16:14Z

Damian: /* Wyświetlenie listy dostępnych modułów */

{{DISPLAYTITLE:Podręcznik użytkownika}}
'''INULA'''

== Informacje ==

Na klastrze inula użytkownicy mogą korzystać z kilku kolejek w zależności od rodzaju uruchamianego zadania oraz przynależności do projektów. Poniżej przestawione zostały wszystkie dostępne kolejki na klastrze inula.

== Kolejki ==

Kolejki zostały podzielone na następujące grupy

* glite - są to kolejki przeznaczone dla VO ops i VO dteam
* plgrid - są to kolejki przeznaczone dla projektu PL-GRID -> https://docs.plgrid.pl/pages/viewpage.action?pageId=4260885

* lokalne - są to kolejki przeznaczone dla użytkowników lokalnych
* specjalne - są to kolejki specjalnego przeznaczenia (routing, zarządzanie infrastrukturą)

== Moduły ==

== Informacje ogólne ==

Standardową metoda wykorzystywaną do zarządzania środowiskiem użytkownika na klastrach (Inula, Reef) są moduły. Podejście oprate na modułach powoduje, że użytkownik nie musi określać ścieżek dla różnych wersji aplikacji oraz dbać o ustawienie zależnych zmiennych środowkiskowych. Wystarczy, że użytkownik 'załaduje' moduł powiązany z daną aplikacją, aby wszystkie wymagane zmienne śrdowiskowe (PATH, LD_LIBRARY_PATH, INCLUDE i in.) zostały ustawione w środowisku użytkownika. Jeżeli użytkownik chce skorzystać z innej wersji aplikacji wystarczy, że 'odładuje' moduł powiązany ze starą aplikacja i 'załaduje' moduł powiązany z nową wersją.

== Podstawy korzystania ==

=== Wyświetlenie listy załadowanych modułów ===

W celu wyświetlenia listy załadowanych modułów należy użyć poniższego polecenia.

<pre>
module list
</pre>

Przykładowy wynik tego polecenia został pokazany poniżej.

<pre>
[username@hostname ~]$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) open64-4.2.5.2
</pre>

=== Wyświetlenie listy dostępnych modułów ===

W celu wyświetlenia listy wszystkich dostępnych dla danego użytkownika modułów należy użyć poniższego polecenia.

<pre>
module avail
</pre>

Przykładowy wynik tego polecenia został pokazany poniżej.

<pre>
[username@hostname ~]$ module avail

----------- /usr/share/Modules/PSNC/Development/Languages -----------
open64-4.2.5.2

----------- /usr/share/Modules/PSNC/Development/Libraries -----------
openmpi-gcc-x86_64 openmpi-opencc-x86_64
</pre>

=== Wyświetlenie dodatkowych informacji na temat modułu ===

Aby wyświetlić dodatkowe infomacje na temat danego modułu należy użyć następującego polecenia.

<pre>
module help <nazwa_modulu>
</pre>

Poniżej przykład wywołania polecenia dla modułu 'open64-4.2.5.2'.

<pre>
[username@hostname ~]$ module help open64-4.2.5.2

----------- Module Specific Help for 'open64-4.2.5.2' ---------------------------

Name: AMD x86 Open64 Compiler Suite
Version: 4.2.5.2
Platform: x86_64
Category: Development/Languages
URL http://developer.amd.com
Provides: opencc, openCC, openf90, openf95

Description:

The x86 Open64 compiler system is a high performance, production
quality code generation tool designed for high performance parallel
computing workloads. The x86 Open64 environment provides the developer
the essential choices when building and optimizing C, C++, and Fortran
applications targeting 32-bit and 64-bit Linux platforms.

The x86 Open64 compiler system offers a high level of advanced
optimizations, multi-threading, and processor support that includes
global optimization, vectorization, interprocedural analysis, feedback
directed optimizations, loop transformations, and code generation
which extracts the optimal performance from each x86 processor core.

man pages: no
Restrictions: none

-------------------------------------------------------------------------------
</pre>

=== Załadowanie modułu ===

Załadowanie nowego modułu odbywa się pomocą poniższego polecenia.

<pre>
module load <nazwa_modulu>
</pre>

=== Wyładowanie modułu ===

Wyładowanie modułu odbywa się pomocą poniższego polecenia.

<pre>
module unload <nazwa_modulu>
</pre>

=== Sprawdzenie jakie zmienne środowiskowe są modyfikowane przez dany moduł ===

W celu uzyskania informacji o tym, które zmienne środowiskowe są modyfikowane przez dany moduł można posłużyć się następującym poleceniem.

<pre>
module show <nazwa_modulu>
</pre>

Przykładowy wynik polecenia przedstawiony został poniżej.

<pre>
[username@hostname ~]$ module show open64-4.2.5.2
-------------------------------------------------------------------
/usr/share/Modules/PSNC/Development/Languages/open64-4.2.5.2:

module-whatis AMD x86 Open64 Compiler Suite, 4.2.5.2
setenv open64_root /opt/x86_open64-4.2.5.2
prepend-path PATH /opt/x86_open64-4.2.5.2/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH /opt/x86_open64-4.2.5.2/lib
prepend-path INCLUDE /opt/x86_open64-4.2.5.2/include
-------------------------------------------------------------------
</pre>

=== Personalizacja ustawień ===

W środowisku, w którym wykorzystywne są moduły użytkownik ma możliwość zadecydowania, które moduły będą załadowane po zalogowaniu się do systemu. W tym celu należy wyedytować plik ~/.bashrc lub ~/.bash_profile i dopisać odpowiednie linie. Poniżej zamieszczony został przykład, w którym do zmiennej MODULEPATH dodana została ścieżka do katalogu, w którym znajdują się moduły użytkownika oraz ładowany jest moduł kompilatora open64 w wersji 4.2.5.2.

<pre>
[username@hostname ~]$ cat ~/.bash_profile
...
# Environment Modules

# Prepend directory to the MODULEPATH environment variable.
module use --append $HOME/.modules/my_modules

# Modules loaded at login time.
module load open64-4.2.5.2
...
</pre>

=== Dodatkowe informacje ===

Dodatkowe informacje na temat używania modułów można znaleźć w podręczniku systemowym wydając jedno z poniższych poleceń.

<pre>
# Informaje na temat uzywania modulow
man module

# Informaje na temat pisania wlasnych modulow
man modulefile
</pre>

=== Wyświetlenie listy zadań ===

<pre>
squeue --long
</pre>

=== Wyświetlenie informacji o konkretnym zadaniu ===

<pre>
scontrol show job <job_id>
</pre>

Podstawowe informacje

2015-12-23T12:15:56Z

Damian: /* Wyświetlenie listy załadowanych modułów */

{{DISPLAYTITLE:Podręcznik użytkownika}}
'''INULA'''

== Informacje ==

Na klastrze inula użytkownicy mogą korzystać z kilku kolejek w zależności od rodzaju uruchamianego zadania oraz przynależności do projektów. Poniżej przestawione zostały wszystkie dostępne kolejki na klastrze inula.

== Kolejki ==

Kolejki zostały podzielone na następujące grupy

* glite - są to kolejki przeznaczone dla VO ops i VO dteam
* plgrid - są to kolejki przeznaczone dla projektu PL-GRID -> https://docs.plgrid.pl/pages/viewpage.action?pageId=4260885

* lokalne - są to kolejki przeznaczone dla użytkowników lokalnych
* specjalne - są to kolejki specjalnego przeznaczenia (routing, zarządzanie infrastrukturą)

== Moduły ==

== Informacje ogólne ==

Standardową metoda wykorzystywaną do zarządzania środowiskiem użytkownika na klastrach (Inula, Reef) są moduły. Podejście oprate na modułach powoduje, że użytkownik nie musi określać ścieżek dla różnych wersji aplikacji oraz dbać o ustawienie zależnych zmiennych środowkiskowych. Wystarczy, że użytkownik 'załaduje' moduł powiązany z daną aplikacją, aby wszystkie wymagane zmienne śrdowiskowe (PATH, LD_LIBRARY_PATH, INCLUDE i in.) zostały ustawione w środowisku użytkownika. Jeżeli użytkownik chce skorzystać z innej wersji aplikacji wystarczy, że 'odładuje' moduł powiązany ze starą aplikacja i 'załaduje' moduł powiązany z nową wersją.

== Podstawy korzystania ==

=== Wyświetlenie listy załadowanych modułów ===

W celu wyświetlenia listy załadowanych modułów należy użyć poniższego polecenia.

<pre>
module list
</pre>

Przykładowy wynik tego polecenia został pokazany poniżej.

<pre>
[username@hostname ~]$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) open64-4.2.5.2
</pre>

=== Wyświetlenie listy dostępnych modułów ===

W celu wyświetlenia listy wszystkich dostępnych dla danego użytkownika modułów należy użyć poniższego polecenia.

<pre>
module avail
</pre>

Przykładowy wynik tego polecnia został pokazany poniżej.

<pre>
[username@hostname ~]$ module avail

----------- /usr/share/Modules/PSNC/Development/Languages -----------
open64-4.2.5.2

----------- /usr/share/Modules/PSNC/Development/Libraries -----------
openmpi-gcc-x86_64 openmpi-opencc-x86_64
</pre>

=== Wyświetlenie dodatkowych informacji na temat modułu ===

Aby wyświetlić dodatkowe infomacje na temat danego modułu należy użyć następującego polecenia.

<pre>
module help <nazwa_modulu>
</pre>

Poniżej przykład wywołania polecenia dla modułu 'open64-4.2.5.2'.

<pre>
[username@hostname ~]$ module help open64-4.2.5.2

----------- Module Specific Help for 'open64-4.2.5.2' ---------------------------

Name: AMD x86 Open64 Compiler Suite
Version: 4.2.5.2
Platform: x86_64
Category: Development/Languages
URL http://developer.amd.com
Provides: opencc, openCC, openf90, openf95

Description:

The x86 Open64 compiler system is a high performance, production
quality code generation tool designed for high performance parallel
computing workloads. The x86 Open64 environment provides the developer
the essential choices when building and optimizing C, C++, and Fortran
applications targeting 32-bit and 64-bit Linux platforms.

The x86 Open64 compiler system offers a high level of advanced
optimizations, multi-threading, and processor support that includes
global optimization, vectorization, interprocedural analysis, feedback
directed optimizations, loop transformations, and code generation
which extracts the optimal performance from each x86 processor core.

man pages: no
Restrictions: none

-------------------------------------------------------------------------------
</pre>

=== Załadowanie modułu ===

Załadowanie nowego modułu odbywa się pomocą poniższego polecenia.

<pre>
module load <nazwa_modulu>
</pre>

=== Wyładowanie modułu ===

Wyładowanie modułu odbywa się pomocą poniższego polecenia.

<pre>
module unload <nazwa_modulu>
</pre>

=== Sprawdzenie jakie zmienne środowiskowe są modyfikowane przez dany moduł ===

W celu uzyskania informacji o tym, które zmienne środowiskowe są modyfikowane przez dany moduł można posłużyć się następującym poleceniem.

<pre>
module show <nazwa_modulu>
</pre>

Przykładowy wynik polecenia przedstawiony został poniżej.

<pre>
[username@hostname ~]$ module show open64-4.2.5.2
-------------------------------------------------------------------
/usr/share/Modules/PSNC/Development/Languages/open64-4.2.5.2:

module-whatis AMD x86 Open64 Compiler Suite, 4.2.5.2
setenv open64_root /opt/x86_open64-4.2.5.2
prepend-path PATH /opt/x86_open64-4.2.5.2/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH /opt/x86_open64-4.2.5.2/lib
prepend-path INCLUDE /opt/x86_open64-4.2.5.2/include
-------------------------------------------------------------------
</pre>

=== Personalizacja ustawień ===

W środowisku, w którym wykorzystywne są moduły użytkownik ma możliwość zadecydowania, które moduły będą załadowane po zalogowaniu się do systemu. W tym celu należy wyedytować plik ~/.bashrc lub ~/.bash_profile i dopisać odpowiednie linie. Poniżej zamieszczony został przykład, w którym do zmiennej MODULEPATH dodana została ścieżka do katalogu, w którym znajdują się moduły użytkownika oraz ładowany jest moduł kompilatora open64 w wersji 4.2.5.2.

<pre>
[username@hostname ~]$ cat ~/.bash_profile
...
# Environment Modules

# Prepend directory to the MODULEPATH environment variable.
module use --append $HOME/.modules/my_modules

# Modules loaded at login time.
module load open64-4.2.5.2
...
</pre>

=== Dodatkowe informacje ===

Dodatkowe informacje na temat używania modułów można znaleźć w podręczniku systemowym wydając jedno z poniższych poleceń.

<pre>
# Informaje na temat uzywania modulow
man module

# Informaje na temat pisania wlasnych modulow
man modulefile
</pre>

=== Wyświetlenie listy zadań ===

<pre>
squeue --long
</pre>

=== Wyświetlenie informacji o konkretnym zadaniu ===

<pre>
scontrol show job <job_id>
</pre>

Podstawowe informacje

2015-12-23T12:15:32Z

Damian: /* Kolejki */

{{DISPLAYTITLE:Podręcznik użytkownika}}
'''INULA'''

== Informacje ==

Na klastrze inula użytkownicy mogą korzystać z kilku kolejek w zależności od rodzaju uruchamianego zadania oraz przynależności do projektów. Poniżej przestawione zostały wszystkie dostępne kolejki na klastrze inula.

== Kolejki ==

Kolejki zostały podzielone na następujące grupy

* glite - są to kolejki przeznaczone dla VO ops i VO dteam
* plgrid - są to kolejki przeznaczone dla projektu PL-GRID -> https://docs.plgrid.pl/pages/viewpage.action?pageId=4260885

* lokalne - są to kolejki przeznaczone dla użytkowników lokalnych
* specjalne - są to kolejki specjalnego przeznaczenia (routing, zarządzanie infrastrukturą)

== Moduły ==

== Informacje ogólne ==

Standardową metoda wykorzystywaną do zarządzania środowiskiem użytkownika na klastrach (Inula, Reef) są moduły. Podejście oprate na modułach powoduje, że użytkownik nie musi określać ścieżek dla różnych wersji aplikacji oraz dbać o ustawienie zależnych zmiennych środowkiskowych. Wystarczy, że użytkownik 'załaduje' moduł powiązany z daną aplikacją, aby wszystkie wymagane zmienne śrdowiskowe (PATH, LD_LIBRARY_PATH, INCLUDE i in.) zostały ustawione w środowisku użytkownika. Jeżeli użytkownik chce skorzystać z innej wersji aplikacji wystarczy, że 'odładuje' moduł powiązany ze starą aplikacja i 'załaduje' moduł powiązany z nową wersją.

== Podstawy korzystania ==

=== Wyświetlenie listy załadowanych modułów ===

W celu wyświetlenia listy załadowanych modułów należy użyć poniższego polecenia.

<pre>
module list
</pre>

Przykładowy wynik tego polecnia został pokazany poniżej.

<pre>
[username@hostname ~]$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) open64-4.2.5.2
</pre>

=== Wyświetlenie listy dostępnych modułów ===

W celu wyświetlenia listy wszystkich dostępnych dla danego użytkownika modułów należy użyć poniższego polecenia.

<pre>
module avail
</pre>

Przykładowy wynik tego polecnia został pokazany poniżej.

<pre>
[username@hostname ~]$ module avail

----------- /usr/share/Modules/PSNC/Development/Languages -----------
open64-4.2.5.2

----------- /usr/share/Modules/PSNC/Development/Libraries -----------
openmpi-gcc-x86_64 openmpi-opencc-x86_64
</pre>

=== Wyświetlenie dodatkowych informacji na temat modułu ===

Aby wyświetlić dodatkowe infomacje na temat danego modułu należy użyć następującego polecenia.

<pre>
module help <nazwa_modulu>
</pre>

Poniżej przykład wywołania polecenia dla modułu 'open64-4.2.5.2'.

<pre>
[username@hostname ~]$ module help open64-4.2.5.2

----------- Module Specific Help for 'open64-4.2.5.2' ---------------------------

Name: AMD x86 Open64 Compiler Suite
Version: 4.2.5.2
Platform: x86_64
Category: Development/Languages
URL http://developer.amd.com
Provides: opencc, openCC, openf90, openf95

Description:

The x86 Open64 compiler system is a high performance, production
quality code generation tool designed for high performance parallel
computing workloads. The x86 Open64 environment provides the developer
the essential choices when building and optimizing C, C++, and Fortran
applications targeting 32-bit and 64-bit Linux platforms.

The x86 Open64 compiler system offers a high level of advanced
optimizations, multi-threading, and processor support that includes
global optimization, vectorization, interprocedural analysis, feedback
directed optimizations, loop transformations, and code generation
which extracts the optimal performance from each x86 processor core.

man pages: no
Restrictions: none

-------------------------------------------------------------------------------
</pre>

=== Załadowanie modułu ===

Załadowanie nowego modułu odbywa się pomocą poniższego polecenia.

<pre>
module load <nazwa_modulu>
</pre>

=== Wyładowanie modułu ===

Wyładowanie modułu odbywa się pomocą poniższego polecenia.

<pre>
module unload <nazwa_modulu>
</pre>

=== Sprawdzenie jakie zmienne środowiskowe są modyfikowane przez dany moduł ===

W celu uzyskania informacji o tym, które zmienne środowiskowe są modyfikowane przez dany moduł można posłużyć się następującym poleceniem.

<pre>
module show <nazwa_modulu>
</pre>

Przykładowy wynik polecenia przedstawiony został poniżej.

<pre>
[username@hostname ~]$ module show open64-4.2.5.2
-------------------------------------------------------------------
/usr/share/Modules/PSNC/Development/Languages/open64-4.2.5.2:

module-whatis AMD x86 Open64 Compiler Suite, 4.2.5.2
setenv open64_root /opt/x86_open64-4.2.5.2
prepend-path PATH /opt/x86_open64-4.2.5.2/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH /opt/x86_open64-4.2.5.2/lib
prepend-path INCLUDE /opt/x86_open64-4.2.5.2/include
-------------------------------------------------------------------
</pre>

=== Personalizacja ustawień ===

W środowisku, w którym wykorzystywne są moduły użytkownik ma możliwość zadecydowania, które moduły będą załadowane po zalogowaniu się do systemu. W tym celu należy wyedytować plik ~/.bashrc lub ~/.bash_profile i dopisać odpowiednie linie. Poniżej zamieszczony został przykład, w którym do zmiennej MODULEPATH dodana została ścieżka do katalogu, w którym znajdują się moduły użytkownika oraz ładowany jest moduł kompilatora open64 w wersji 4.2.5.2.

<pre>
[username@hostname ~]$ cat ~/.bash_profile
...
# Environment Modules

# Prepend directory to the MODULEPATH environment variable.
module use --append $HOME/.modules/my_modules

# Modules loaded at login time.
module load open64-4.2.5.2
...
</pre>

=== Dodatkowe informacje ===

Dodatkowe informacje na temat używania modułów można znaleźć w podręczniku systemowym wydając jedno z poniższych poleceń.

<pre>
# Informaje na temat uzywania modulow
man module

# Informaje na temat pisania wlasnych modulow
man modulefile
</pre>

=== Wyświetlenie listy zadań ===

<pre>
squeue --long
</pre>

=== Wyświetlenie informacji o konkretnym zadaniu ===

<pre>
scontrol show job <job_id>
</pre>

Podręcznik użytkownika

2015-12-23T09:20:11Z

Damian:

{{DISPLAYTITLE:Podręcznik użytkownika}}
<ul>
<li>[[Podstawowe informacje|Podstawowe informacje]]
<li>[[Zlecanie zadań przez system kolejkowy PBS]]
<li>[[Zlecanie zadań przez system kolejkowy SLURM]]
<li>[[Jak zostać użytkownikiem]]
<li>[[Oprogramowanie]]
<li>[[FAQ]]

Podręcznik użytkownika

2015-12-23T09:19:58Z

Damian:

{{DISPLAYTITLE:Podręcznik}}
<ul>
<li>[[Podstawowe informacje|Podstawowe informacje]]
<li>[[Zlecanie zadań przez system kolejkowy PBS]]
<li>[[Zlecanie zadań przez system kolejkowy SLURM]]
<li>[[Jak zostać użytkownikiem]]
<li>[[Oprogramowanie]]
<li>[[FAQ]]

MediaWiki:Common.js

2015-12-03T14:57:08Z

Damian:

/* Umieszczony tutaj kod JavaScript zostanie załadowany przez każdego użytkownika, podczas każdego ładowania strony.

$wgHooks['SkinTemplateSetupPageCss'][] = 'wfHideVariousTabsFromAnonymous';

function wfHideVariousTabsFromAnonymous( &$hidetabcss ) {
global $wgUser;

if ( !$wgUser->isLoggedIn() ) {
$hidetabcss .= '.nav-meta { display: none !important; } ';
}

return true;
}
*/

$('#mw-mywiki-example').html('This is Hello World by JQuery');

$(document).ready(function(){
var url = "https://hpc.man.poznan.pl/modules/kdm_training/index.php?m=api&a=trainingList.json";
$.getJSON(url, function(data, success) {
$.each(data, function(i,lecture){
var old = $("#trainingListSlot").html();
$("#trainingListSlot").html(old + "<li><a href='" + lecture.url + "'>" + lecture.title + "</a></li>");
});
console.log(data);
}).done(function( data ) {
console.log(data);
/*
if ($("#trainingListSlot li").length > 0) {
$("#trainingListSlot").fadeIn(1000);
}
else {
$(".loading_error").show();
}
*/
});
});