Amber
Amber 14,16 oraz 18 dostępny jest dla wszystkich użytkowników maszyn obliczeniowych w PCSS.
Amber dotyczy dwóch rzeczy: zestawu molekularnych mechanicznych pól siłowych dla symulacji biomolekuł (które są w domenie publicznej, i są stosowane w różnych programach symulacyjnych) oraz pakiet programów symulacji molekularnych, który zawiera kody źródłowe i dema.
Aby uruchomić przykładowych test oprogramowania Amber trzeba :
załadować moduł :
module load amber
Przykładowy skrypt uruchomieniowy SLURM:
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --mem=4gb
#SBATCH --time=01:00:00
# Ustawiamy sciezki lub ladujemy odpowiednie moduly
module load amber/14
# Ustawiamy zmienna $TMPDIR
export TMPDIR=$HOME/$SLURM_JOB_ACCOUNT/scratch/$USER/$SLURM_JOB_ID
# Ustawiamy zmienne aplikacji
export SCR=${TMPDIR}
# Ustawiamy zmienne pomocnicze
INPUT_DIR="input"
OUTPUT_DIR="output"
OUTPUT_FILE="OUTPUT"
# Tworzymy katalog tymczasowy
mkdir -p ${TMPDIR}
# Kopiujemy dane wejsciowe do katalogu wskazywanego zmienna $TMPDIR
cp ${SLURM_SUBMIT_DIR}/${INPUT_DIR}/* ${TMPDIR}
# Przechodzimy do katalogu $TMPDIR
cd $TMPDIR
# Wykonujemy obliczenia
sander.MPI -O -i 01_Min.in -o 01_Min.out -p prmtop -c inpcrd -r 01_Min.rst -inf 01_Min.mdinfo
sander.MPI -O -i 02_Heat.in -o 02_Heat.out -p prmtop -c 01_Min.rst -r 02_Heat.rst -x 02_Heat.mdcrd -inf 02_Heat.mdinfo
sander.MPI -O -i 03_Prod.in -o 03_Prod.out -p prmtop -c 02_Heat.rst -r 03_Prod.rst -x 03_Prod.mdcrd -inf 03_Prod.info
# Stopka
cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------
End of calculations [$(date)].
-------------------------------------------------------------------------------
EOF
# Konczymy obliczenia, zawartosc katalogu $TMPDIR/output kopiujemy
# do katalogu z ktorego zakolejkowano zadanie.
mkdir $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR}
cp -r $TMPDIR/* $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR}/
# Czyscimy katalog roboczy
rm -rf $TMPDIR
Skrypt dzieli się na 3 części:
1. Run minimization 2. Run heating MD 3. Run production MD
Poniżej znajduje się paczka z plikami które powinny znaleźć się w katalogu input.