Cufflinks
Opis programu:
Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for
differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned
RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of
transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these
transcripts based on how many reads support each one, taking into account
biases in library preparation protocols.
Wersje:
Name: Cufflinks Version: 2.2.1 Platform: x86_64 Category: Applications/Scientific URL http://cufflinks.cbcb.umd.edu/ Provides: cufflinks
Poniżej znajduje się informacja jak załadować moduł do oprogramowania:
Odnośnik do ładowania modułów
Przykładowy skrypt uruchomieniowy SLURM:
#!/bin/bash #SBATCH --nodes=1 #SBATCH --ntasks-per-node=4 #SBATCH --mem=4gb #SBATCH --time=01:00:00 # Ustawiamy sciezki lub ladujemy odpowiednie moduly module load cufflinks # Ustawiamy zmienna $TMPDIR export TMPDIR=$HOME/$SLURM_JOB_ACCOUNT/scratch/$USER/$SLURM_JOB_ID # Ustawiamy zmienne aplikacji export SCR=${TMPDIR} # Ustawiamy zmienne pomocnicze INPUT_DIR="input" OUTPUT_DIR="output" OUTPUT_FILE="OUTPUT" # Tworzymy katalog tymczasowy mkdir -p ${TMPDIR} # Kopiujemy dane wejsciowe do katalogu wskazywanego zmienna $TMPDIR cp ${SLURM_SUBMIT_DIR}/${INPUT_DIR}/* ${TMPDIR} # Przechodzimy do katalogu $TMPDIR cd $TMPDIR # Wykonujemy obliczenia cufflinks ./test.sam # Stopka cat << EOF ------------------------------------------------------------------------------- End of calculations [$(date)]. ------------------------------------------------------------------------------- EOF # Konczymy obliczenia, zawartosc katalogu $TMPDIR/output kopiujemy # do katalogu z ktorego zakolejkowano zadanie. mkdir $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR} cp -r $TMPDIR/* $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR}/ # Czyscimy katalog roboczy rm -rf $TMPDIR
Przykładowe dane wejściowe:
Poniżej znajdują się pliki które powinny znaleźć się w katalogu input.
Plik:Cufflinks input.zip