Gaussian

Opis programu:
Gaussian jest jednym z najpopularniejszych programów umożliwiających obliczenia parametrów układów molekularnych przy użyciu metod chemii kwantowej oraz mechaniki i dynamiki molekularnej. Gaussian umożliwia przeprowadzanie obliczeń tak przy użyciu przy użyciu metod ab initio jak i półempirycznych. Obliczenia mogą być prowadzone na układach w stanie gazowym lub roztworach, w stanie podstawowym lub stanie wzbudzonym.

Wersje:

Name: Gaussian
Version: g16.C01
Platform: x86_64
Category: Applications/Engineering
URL: http://www.gaussian.com
Provides: g16

Poniżej znajduje się informacja jak załadować moduł do oprogramowania:
Odnośnik do ładowania modułów

Przykładowy skrypt uruchomieniowy SLURM:

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --mem=4gb
#SBATCH --time=01:00:00

# Pobranie zadeklarowanych dla zadania wartosci pamieci
_SLURM_MEM=4gb

# Ustawiamy zmienna $TMPDIR
# W przypadku aplikacji gaussian zmienna $GAUSS_SCRDIR powinna wskazywac na
# katalog wskazywany zmienna $TMPDIR
export TMPDIR=$HOME/$SLURM_JOB_ACCOUNT/scratch/$USER/$SLURM_JOB_ID
mkdir -p ${TMPDIR}

# Ustawiamy sciezki lub ladujemy odpowiednie moduly
module load gaussian/g16.C01

# Zmienne gaussiana
GAUSS_MEMDEF=${_SLURM_MEM}
GAUSS_SCRDIR=${TMPDIR}
export GAUSS_MEMDEF GAUSS_SCRDIR

# Okreslenie przestrzeni dyskowej
GAUSS_MAXDISK=1000gb

# Tworzymy plik Default.Route
cat << EOF > ${TMPDIR}/Default.Route
-M- ${GAUSS_MEMDEF}
-P- ${SLURM_NTASKS}
-#- MaxDisk=${GAUSS_MAXDISK}
EOF

# Ustawiamy zmienne pomocnicze
INPUT_DIR="/opt/exp_soft/local/generic/gaussian/D.01/g09/tests/com/"
INPUT_FILE="test1036.com"
OUTPUT_FILE="test1036.com.output"

# Kopiowanie danych wejsciowych do katalogu wskazywanego zmienna $TMPDIR
cp ${INPUT_DIR}/${INPUT_FILE} ${TMPDIR}

# Przechodzimy do katalogu $TMPDIR
cd $TMPDIR

# Naglowek
cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------

Running the job on machine [$(hostname)] at [$(date)].

Support:        support-hpc@man.poznan.pl

-------------------------------------------------------------------------------
Zmienne
-------------------------------------------------------------------------------


EOF

cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------
Gaussian
-------------------------------------------------------------------------------

echo "cat ${TMPDIR}/Default.Route"

$(cat ${TMPDIR}/Default.Route)

-------------------------------------------------------------------------------
EOF

# Wykonujemy obliczenia
g09 < ${INPUT_FILE} > ${OUTPUT_FILE}

# Stopka
cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------

End of calculations [$(date)].

-------------------------------------------------------------------------------
EOF

# Konczymy obliczenia, zawartosc katalogu $TMPDIR przenosimy
# do katalogu z ktorego zakolejkowano zadanie.
cp -r $TMPDIR $SLURM_SUBMIT_DIR
rm -rf $TMPDIR

Przykładowe dane wejściowe:

%chk=test1036
#p b3lyp/sto-3g empiricaldispersion=gd3bj scf=novaracc force test

Gaussian Test Job 1036 (Part 1):
Ac(Ala)3NH forces

0,1
 C,0,-4.5929012011,1.0163256276,1.6498020765
 O,0,-5.6641782096,0.9622594116,2.2369288649
 H,0,-5.788876035,3.2375262156,-2.1703220199
 N,0,-4.4446298947,1.4038535552,0.3517633631
 C,0,-5.5276104415,2.0568592195,-0.393209573
 C,0,-6.6820010804,1.1210046482,-0.8110638213
 O,0,-7.7163192823,1.6159663275,-1.2411782817
 H,0,-4.4594336204,2.0710253739,-2.2955690783
 H,0,-7.8369916637,-3.0276246236,-2.0305145074
 H,0,-3.5005389102,1.5053698436,-0.0001432589
 H,0,-6.0030832058,2.7883542708,0.2697601252
 C,0,-4.964790314,2.77502587,-1.6231929572
 H,0,-4.2545602279,3.5564690985,-1.331037468
 N,0,-6.467548887,-0.2155021191,-0.6785052068
 C,0,-7.5031416325,-1.2131584234,-0.91638047
 C,0,-8.0211884478,-1.8787899491,0.380938917
 O,0,-8.7183383437,-2.8841565437,0.3191572615
 H,0,-6.1450935622,-2.7900763362,-1.5721953203
 H,0,-5.5718860477,-0.5215479026,-0.3240134377
 H,0,-8.3487219499,-0.6548901613,-1.3317750181
 C,0,-7.0510387901,-2.2780008948,-1.9206069023
 H,0,-6.8401342233,-1.82143009,-2.8924436992
 N,0,-7.6680197584,-1.2862367208,1.5520351062
 H,0,-8.067766283,-1.6716488993,2.3962879244
 H,0,-7.1524347362,-0.4162249686,1.6190529057
 H,0,-3.6371876615,0.7269376703,2.1257742554

--Link1--
%chk=test1036
%nosave
#p b3lyp/sto-3g empiricaldispersion=gd3bj scf=novaracc freq test geom=check guess=read

Gaussian Test Job 1036 (Part 2):
Ac(Ala)3NH freq

0,1