Gromacs

Opis programu:
Pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program może być stosowany dla molekuł biochemicznych (np. proteiny, lipidy) oraz systemów nie-biologicznych (np. polimerów).

Wersje:

Name:           Gromacs
Version:        4.6.3
Platform:       x86_64
Category:       Applications/Engineering
URL             http://www.gromacs.org

Poniżej znajduje się informacja jak załadować moduł do oprogramowania:
Odnośnik do ładowania modułów

Przykładowy skrypt uruchomieniowy SLURM:

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=28
#SBATCH --mem=15gb
#SBATCH -p standard
#SBATCH --time=30:00:00

# Ustawiamy sciezki lub ladujemy odpowiednie moduly
module load gromacs/5.0.4

# Ustawiamy zmienna $TMPDIR
export TMPDIR=$HOME/$SLURM_JOB_ACCOUNT/scratch/$USER/$SLURM_JOB_ID

# Ustawiamy zmienne aplikacji
export SCR=${TMPDIR}

# Ustawiamy zmienne pomocnicze
INPUT_DIR="input"
OUTPUT_DIR="output"
OUTPUT_FILE="OUTPUT"

# Tworzymy katalog tymczasowy
mkdir -p ${TMPDIR}

# Kopiujemy dane wejsciowe do katalogu wskazywanego zmienna $TMPDIR
cp ${SLURM_SUBMIT_DIR}/${INPUT_DIR}/* ${TMPDIR}

# Przechodzimy do katalogu $TMPDIR
cd $TMPDIR

# Wykonujemy obliczenia

grompp_mpi -f em.mdp -c box.gro -p topol.top -o topol_em.tpr
mdrun_mpi -v -s topol_em.tpr -c mixture150_em.gro
grompp_mpi -f grompp_LIQ_ich.mdp -c mixture150_em.gro -p topol.top -o topol_md_000_00.tpr -maxwarn 3

:docelowo wykonywany job
mdrun_mpi -s topol_md_000_00.tpr -c mixture150_md_1.gro -o gro_b_1.trr -v



mpirun  mdrun_mpi -deffnm topol_md_000_00.tpr -s  topol_md_000_00.tpr -g topol_md_000_00.log -v> topol_md_000_00.out  2>&1

# Stopka
cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------

End of calculations [$(date)].

-------------------------------------------------------------------------------
EOF

# Konczymy obliczenia, zawartosc katalogu $TMPDIR/output kopiujemy 
# do katalogu z ktorego zakolejkowano zadanie.
mkdir $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR}
cp -r $TMPDIR/* $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR}/

# Czyscimy katalog roboczy
rm -rf $TMPDIR

Poniżej znajdują się pliki które powinny znaleźć się w katalogu input.
Plik:Gromacs input.zip