Instalacja Conda z poziomu użytkownika

Uruchomienie trybu interaktywnego

Polecenie srun --pty /bin/bash uruchamia sesję interaktywną na węźle obliczeniowym klastra.
Dzięki temu możemy wykonywać polecenia bezpośrednio na węźle.

srun --pty /bin/bash

Skopiowanie skryptu instalacyjnego i dostosowanie numeru grantu

W skrypcie poniżej zastąp pl0000-01 swoim numerem grantu, co pozwoli na zapisanie oprogramowania w odpowiednim katalogu.

# Numer grantu, zastąp "pl0000-01" swoim numerem
GRANT_ID="pl0000-01"

# Katalogi tymczasowe :
export TMP=$HOME/$GRANT_ID/scratch/$USER/tmp
export TMPDIR=$TMP
export TEMP=$TMP
export TEMPDIR=$TMP
mkdir -p $TMP


# Ścieżka docelowa instalacji Miniconda3
SOFT_PATH="/soft/miniconda3"

# Ścieżka rzeczywista, gdzie zostanie zainstalowane oprogramowanie
REAL_PATH=$(realpath "$HOME""$GRANT_ID""/project_data")

# Docelowy katalog instalacji Miniconda3
MINICONDA_DIR="$REAL_PATH""$SOFT_PATH"

# Tworzenie katalogu docelowego, jeśli nie istnieje
mkdir -p $MINICONDA_DIR

# Pobieranie instalatora Miniconda3
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O $MINICONDA_DIR/miniconda.sh

# Uruchomienie instalatora Miniconda3 w trybie bez interakcji (-b) i z wymuszeniem nadpisania (-u)
bash $MINICONDA_DIR/miniconda.sh -b -u -p $MINICONDA_DIR

# Usunięcie instalatora po zakończeniu instalacji
rm -rf $MINICONDA_DIR/miniconda.sh

# Inicjalizacja conda dla powłoki bash
$MINICONDA_DIR/bin/conda init bash

Uruchomienie skryptu instalacyjnego

Zapisz powyższy skrypt do pliku, na przykład install_miniconda.sh, a następnie uruchom go, aby zainstalować Miniconda3.

./install_miniconda.sh