Pindel

Opis programu:
Pindel can detect breakpoints of large deletions, medium sized insertions, inversions, tandem duplications and other structural variants at single-based resolution from next-gen sequence data. It uses a pattern growth approach to identify the breakpoints of these variants from paired-end short reads.

Wersje:

Name:           pindel
Version:        0.2.5b8
Platform:       x86_64
Category:       Applications/Engineering
URL             https://github.com/genome/pindel

Poniżej znajduje się informacja jak załadować moduł do oprogramowania:
Odnośnik do ładowania modułów

Przykładowy skrypt uruchomieniowy SLURM:

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --mem=4gb
#SBATCH --time=01:00:00

# Ustawiamy sciezki lub ladujemy odpowiednie moduly
module load pindel

# Ustawiamy zmienna $TMPDIR
export TMPDIR=$HOME/$SLURM_JOB_ACCOUNT/scratch/$USER/$SLURM_JOB_ID

# Tworzymy katalog tymczasowy
mkdir -p ${TMPDIR}

# Kopiujemy dane wejsciowe do katalogu wskazywanego zmienna $TMPDIR
cp ${pidel_root}/demo ${TMPDIR}

# Przechodzimy do katalogu $TMPDIR
cd ${TMPDIR}/demo

# Wykonujemy obliczenia

pindel -i simulated_config.txt -f simulated_reference.fa -o bamtest -c ALL
# pindel -p COLO-829_20-p_ok.txt -f hs_ref_chr20.fa -o colontumor -c 20
# pindel2vcf -r hs_ref_chr20.fa -R HUMAN_G1K_V2 -d 20100101 -p colontumor_D -e 5


# Stopka
cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------

End of calculations [$(date)].

-------------------------------------------------------------------------------
EOF

# Konczymy obliczenia, zawartosc katalogu $TMPDIR kopiujemy 
# do katalogu z ktorego zakolejkowano zadanie.
cp -r $TMPDIR $SLURM_SUBMIT_DIR

# Czyscimy katalog roboczy
rm -rf $TMPDIR

Przykładowe dane wejściowe: