Quantum Espresso
Quantum Espresso
Quantum Espresso jest to zintegrowany pakiet open source do obliczeń struktury elektronicznej i materiałów modelowania w nanoskali. Jest on oparty na teoria funkcjonału gęstości, fal płaskich i pseudopotencjałów Dostępny jest w wersji:
Name: Quantum Espresso
Version: 5.2.0
Platform: x86_64
Category: Applications/Scientific
URL http://www.quantum-espresso.org/
Poniżej znajduje się informacja jak załadować moduł do oprogramowania:
Odnośnik do ładowania modułów
Przykładowy skrypt uruchomieniowy SLURM:
#!/bin/bash #SBATCH --nodes=1 #SBATCH --ntasks-per-node=1 #SBATCH --mem=4gb #SBATCH --time=01:00:00 # Ustawiamy sciezki lub ladujemy odpowiednie moduly module load espresso/5.3.0 module load mkl module load impi module load mpich # Ustawiamy zmienna $TMPDIR export TMPDIR=$HOME/$SLURM_JOB_ACCOUNT/scratch/$USER/$SLURM_JOB_ID # Ustawiamy zmienne aplikacji export SCR=${TMPDIR} # Ustawiamy zmienne pomocnicze INPUT_DIR="input" OUTPUT_DIR="output" OUTPUT_FILE="OUTPUT" # Tworzymy katalog tymczasowy mkdir -p ${TMPDIR} # Kopiujemy dane wejsciowe do katalogu wskazywanego zmienna $TMPDIR cp ${SLURM_SUBMIT_DIR}/${INPUT_DIR}/* ${TMPDIR} # Przechodzimy do katalogu $TMPDIR cd $TMPDIR # Wykonujemy obliczenia mpirun cp.x < h2o_mol1.in > test.out # Stopka cat << EOF ------------------------------------------------------------------------------- End of calculations [$(date)]. ------------------------------------------------------------------------------- EOF # Konczymy obliczenia, zawartosc katalogu $TMPDIR/output kopiujemy # do katalogu z ktorego zakolejkowano zadanie. mkdir $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR} cp -r $TMPDIR/* $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR}/ # Czyscimy katalog roboczy rm -rf $TMPDIR
Poniżej znajdują się pliki które powinny znaleźć się w katalogu input.
Plik:Espresso input.zip