R

Opis programu:

R is a language and environment for statistical computing and graphics. R is similar to the award-winning S system, which was developed at Bell Laboratories by John Chambers et al. It provides a wide variety of statistical and graphical techniques (linear and nonlinear modelling, statistical tests, time series analysis, classification, clustering, ...).

Wersje:

Name: R
Version: 3.1.2
Platform: x86_64
Category: Applications/Engineering
URL: http://www.r-project.org
Provides: R

Poniżej znajduje się informacja jak załadować moduł do oprogramowania:
Odnośnik do ładowania modułów

Przykładowy skrypt uruchomieniowy SLURM:

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --mem=4gb
#SBATCH --time=01:00:00

# Ustawiamy sciezki lub ladujemy odpowiednie moduly
module load r

# Ustawiamy zmienna $TMPDIR
export TMPDIR=$HOME/$SLURM_JOB_ACCOUNT/scratch/$USER/$SLURM_JOB_ID

# Ustawiamy zmienne aplikacji
export SCR=${TMPDIR}

# Ustawiamy zmienne pomocnicze
INPUT_DIR="input"
OUTPUT_DIR="output"
OUTPUT_FILE="OUTPUT"

# Tworzymy katalog tymczasowy
mkdir -p ${TMPDIR}

# Kopiujemy dane wejsciowe do katalogu wskazywanego zmienna $TMPDIR
cp ${SLURM_SUBMIT_DIR}/${INPUT_DIR}/* ${TMPDIR}

# Przechodzimy do katalogu $TMPDIR
cd $TMPDIR

# Naglowek

cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------

Start of calculations [$(date)]
EOF

echo -n 'Job is running on node: ';awk '!x[$0]++' $PBS_NODEFILE | tr '\n' ' '
echo -e '\n'

cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------
Support:        support-hpc@man.poznan.pl
-------------------------------------------------------------------------------
EOF

# Wykonujemy obliczenia
R --no-save < Rtest.r

# Stopka
cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------

End of calculations [$(date)].

-------------------------------------------------------------------------------
EOF

# Konczymy obliczenia, zawartosc katalogu $TMPDIR/output kopiujemy 
# do katalogu z ktorego zakolejkowano zadanie.
mkdir $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR}
cp -r $TMPDIR/* $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR}/

# Czyscimy katalog roboczy
rm -rf $TMPDIR

Przykładowe dane wejściowe: Poniżej znajdują się pliki które powinny znaleźć się w katalogu input.
Plik:R input.zip

Interfejs graficzny RStudio

Aby uruchomić interfejs graficzny GUI należy otworzyć stronę https://rstudio.man.poznan.pl/ i zalogować się za pomocą nazwy użytkownika i hasła wykorzystanego podczas logowania do sytemu eagle.man.poznan.pl

Po zalogowaniu otrzymujemy panel graficzny oprogramowania RStudio

Przykładowe obliczenia

> x <- c(1, 2, 3, 4, 5, 6)
> y <- x^2 
> print(y)

wynik

[1]  1  4  9 16 25 36

Instalacja paczek w interfejsie graficznym RStudio

W widoku włączamy Show Packages

Następnie w zakładce Packages klikamy Install

Wybieramy z repozytorium paczkę jaką chcemy zainstalować, dla przykładu została zainstalowana paczka modeest, a następnie uruchamiamy instalację Install

Paczka została zainstalowana, należy w zakładce Packages w kategorii User Library zaznaczyć paczkę aby załadować ją do systemu

Paczka moddees została aktywowana

Aby przetestować działanie paczki możemy wykonać poniższe działanie

Instalacja paczek R w trybie interaktywnym

Uruchamiamy tryb interaktywny

srun -p fast --pty /bin/bash

Ładujemy moduł R

module load r
gmp/5.1.3 load complete.
mpfr/3.1.2 load complete.
libmpc/1.0.1 load complete.
gcc/6.2.0 load complete.
openmpi/4.0.0_gcc620 load complete.
r/3.5.1-gcc620 load complete.

Uruchamiamy aplikację R

~$ R

Instalujemy paczkę, dla przykładu paczkę modeest

install.packages('modeest')

Zostaniemy poproszeni o wybór źródła pakietu, wybieramy 1

Selection: 1
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/modeest_2.4.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 34996 bytes (34 KB)
==================================================
downloaded 34 KB

* installing *source* package ‘modeest’ ...
** package ‘modeest’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (modeest)

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmpPFM8j0/downloaded_packages’

Paczka została zainstalowany

Ładujemy do systemu zainstalowaną paczkę

> library('modeest')

Uruchamiamy przykładowe zadanie wykorzystujące zainstalowaną paczkę

> x <- c(1,2,3,4,4,5)
> mfv(x)

[1] 4