Rsem

Opis programu:
RSEM is a software package for estimating gene and isoform expression levels from RNA-Seq data.

Wersje:

Name:           rsem
Version:        1.2.18
Platform:       x86_64
Category:       Applications/Engineering
URL             http://deweylab.biostat.wisc.edu/rsem/

Poniżej znajduje się informacja jak załadować moduł do oprogramowania:
Odnośnik do ładowania modułów

Przykładowy skrypt uruchomieniowy SLURM:

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --mem=4gb
#SBATCH --time=01:00:00

# Ustawiamy sciezki lub ladujemy odpowiednie moduly
module load rsem/1.2.31

# Ustawiamy zmienna $TMPDIR
export TMPDIR=$HOME/$SLURM_JOB_ACCOUNT/scratch/$USER/$SLURM_JOB_ID

# Ustawiamy zmienne aplikacji
export SCR=${TMPDIR}

# Ustawiamy zmienne pomocnicze
INPUT_DIR="exp"
INPUT_DIR2="ref"
OUTPUT_DIR="output"


# Tworzymy katalog tymczasowy
mkdir -p ${TMPDIR}/${INPUT_DIR}
mkdir -p ${TMPDIR}/${INPUT_DIR2}

echo ${TMPDIR}
ls -la ${TMPDIR}

# Kopiujemy dane wejsciowe do katalogu wskazywanego zmienna $TMPDIR
cp -r ${SLURM_SUBMIT_DIR}/${INPUT_DIR}  ${TMPDIR}
cp -r ${SLURM_SUBMIT_DIR}/${INPUT_DIR2} ${TMPDIR}

echo ${TMPDIR}
ls -la ${TMPDIR}

# Przechodzimy do katalogu $TMPDIR
cd $TMPDIR

# Naglowek

cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------

Start of calculations [$(date)]
EOF

EOF

# Wykonujemy obliczenia
rsem-calculate-expression -p 24 --paired-end --bam --estimate-rspd 
--append-names --output-genome-bam $INPUT_DIR/LPS_6h.bam $INPUT_DIR2/mouse_ref $INPUT_DIR/LPS_6h

# Stopka
cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------

End of calculations [$(date)].

-------------------------------------------------------------------------------
EOF

# Konczymy obliczenia, zawartosc katalogu $TMPDIR/output kopiujemy 
# do katalogu z ktorego zakolejkowano zadanie.
mkdir $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR}
cp -r $TMPDIR/* $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR}/

# Czyscimy katalog roboczy
rm -rf $TMPDIR

Przykładowe dane wejściowe: