Siesta

Opis programu:
SIESTA jest kodem do obliczeń ab-initio, korzystającym z przybliżenia funkcjonału gęstości elektronowej (DFT) i metody pseudopotenjału. Oprogramowanie to wykorzystuje bazę orbitali atomowych. SIESTA pozwala na obliczanie struktury pasmowej, własności magnetycznych, optymalnej geometrii komórki elementarnej, realizację dynamiki molekularnej i wiele innych.

Wersje:

Name:           Siesta
Version:        4.0
Platform:       x86_64
Category:       Applications/Engineering
URL:             http://icmab.cat/leem/siesta/

Poniżej znajduje się informacja jak załadować moduł do oprogramowania:
Odnośnik do ładowania modułów

Przykładowy skrypt uruchomieniowy SLURM:

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --mem=4gb
#SBATCH --time=01:00:00

# Ustawiamy sciezki lub ladujemy odpowiednie moduly
module load siesta/4.0-impi-5.0.3_icc-15.0.3

# Ustawiamy zmienna $TMPDIR
export TMPDIR=$HOME/$SLURM_JOB_ACCOUNT/scratch/$USER/$SLURM_JOB_ID

# Ustawiamy zmienne aplikacji
export SCR=${TMPDIR}

# Ustawiamy zmienne pomocnicze
INPUT_DIR="input"
INPUT_FILE1="h2o.fdf"
OUTPUT_DIR="output"
OUTPUT_FILE="OUTPUT"

# Tworzymy katalog tymczasowy
mkdir -p ${TMPDIR}


# Kopiujemy dane wejsciowe do katalogu wskazywanego zmienna $TMPDIR
cp ${SLURM_SUBMIT_DIR}/${INPUT_DIR}/* ${TMPDIR}

# Przechodzimy do katalogu $TMPDIR
cd $TMPDIR

# Naglowek

cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------

Start of calculations [$(date)]
EOF

cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------
Support:        support-hpc@man.poznan.pl
-------------------------------------------------------------------------------
Variables
-------------------------------------------------------------------------------
SLURM: qsub is running on 	$SLURM_SUBMIT_HOST
SLURM: working directory is	$SLURM_SUBMIT_DIR
SLURM: job identifier is	$SLURM_JOBID
SLURM: node file is		$SLURM_JOB_NODELIST
EOF

# Wykonujemy obliczenia
mpirun siesta < ${INPUT_FILE1} > ${OUTPUT_FILE}
# Stopka
cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------

End of calculations [$(date)].

-------------------------------------------------------------------------------
EOF


# Konczymy obliczenia, zawartosc katalogu $TMPDIR/output kopiujemy 
# do katalogu z ktorego zakolejkowano zadanie.
mkdir $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR}
cp -r $TMPDIR/* $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR}/

# Czyscimy katalog roboczy
rm -rf $TMPDIR

Poniżej znajdują się pliki które powinny znaleźć się w katalogu input.
Plik:Siesta input.zip