Skrypty

Aby uruchomić zadanie na naszych zasobach musi ono być obudowane w odpowiedni skrypt.
Poniżej znajdują się przykładowe skrypty uruchomieniowe w PBS i SLURM

Skrypt należy indywidualnie zmodyfikować chcąc uruchomić zdanie wykorzystujące konkretne oprogramowanie zainstalowane na naszych klastrach

W sekcji MODUŁ należy podać nazwę modłów które mają być załadowywane np. module load gcc

W sekcji RUN należy podać komendę uruchomiającą zadnie z plikami wejściowymi

Wszystkie pliki wejściowe należy umieścić w katalogu input (plik ze skryptem powinien znajdować się w nadrzędnym katalogu)

Skrypt uruchomieniowy PBS:

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l mem=4gb
#PBS -l walltime=01:00:00
#PBS -o $PBS_JOBID.stdout
#PBS -e $PBS_JOBID.stderr

# SEKCJA MODUŁ Ustawiamy sciezki lub ladujemy odpowiednie moduly
module load nazwa_modułu

# Ustawiamy zmienna $TMPDIR
export TMPDIR="/tmp/lustre_shared/${USER}/${PBS_JOBID}"

# Ustawiamy zmienne aplikacji
export SCR=${TMPDIR}

# Ustawiamy zmienne pomocnicze
INPUT_DIR="input"
OUTPUT_DIR="output"
OUTPUT_FILE="OUTPUT"

# Tworzymy katalog tymczasowy
mkdir -p ${TMPDIR}

# Kopiujemy dane wejsciowe do katalogu wskazywanego zmienna $TMPDIR
cp ${PBS_O_WORKDIR}/${INPUT_DIR}/* ${TMPDIR}

# Przechodzimy do katalogu $TMPDIR
cd $TMPDIR

# Naglowek

cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------

Start of calculations [$(date)]
EOF

echo -n 'Job is running on node: ';awk '!x[$0]++' $PBS_NODEFILE | tr '\n' ' '
echo -e '\n'

cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------
Support:        support-hpc@man.poznan.pl
-------------------------------------------------------------------------------
Variables
-------------------------------------------------------------------------------
PBS: qsub is running on 	$PBS_O_HOST
PBS: originating queue is 	$PBS_O_QUEUE
PBS: executing queue is 	$PBS_QUEUE
PBS: working directory is	$PBS_O_WORKDIR
PBS: execution mode is 		$PBS_ENVIRONMENT
PBS: job identifier is		$PBS_JOBID
PBS: job name is		$PBS_JOBNAME
PBS: node file is		$PBS_NODEFILE
PBS: PATH = $PBS_O_PATH
EOF

# SEKCJA RUN Wykonujemy obliczenia

#Tutaj należy wpisać komendę wykonującą obliczenia

# Stopka
cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------

End of calculations [$(date)].

-------------------------------------------------------------------------------
EOF

# Konczymy obliczenia, zawartosc katalogu $TMPDIR/output kopiujemy 
# do katalogu z ktorego zakolejkowano zadanie.
mkdir $PBS_O_WORKDIR/${OUTPUT_DIR}
cp -r $TMPDIR/* $PBS_O_WORKDIR/${OUTPUT_DIR}/

# Czyscimy katalog roboczy
rm -rf $TMPDIR

Przykładowy skrypt uruchomieniowy SLURM:

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=24
#SBATCH --mem=4gb
#SBATCH --time=01:00:00

# SEKCJA MODUŁ Ustawiamy sciezki lub ladujemy odpowiednie moduly
module load nazwa_modułu

# Ustawiamy zmienna $TMPDIR
export TMPDIR="/tmp/lustre_shared/${USER}/${SLURM_JOBID}"

# Ustawiamy zmienne aplikacji
export SCR=${TMPDIR}

# Ustawiamy zmienne pomocnicze
INPUT_DIR="input"
OUTPUT_DIR="output"
OUTPUT_FILE="OUTPUT"

# Tworzymy katalog tymczasowy
mkdir -p ${TMPDIR}

# Kopiujemy dane wejsciowe do katalogu wskazywanego zmienna $TMPDIR
cp ${SLURM_SUBMIT_DIR}/${INPUT_DIR}/* ${TMPDIR}

# Przechodzimy do katalogu $TMPDIR
cd $TMPDIR

# Naglowek

cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------

Start of calculations [$(date)]
EOF

cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------
Support:        support-hpc@man.poznan.pl
-------------------------------------------------------------------------------
EOF

# SEKCJA RUN Wykonujemy obliczenia

#Tutaj należy wpisać komendę wykonującą obliczenia

# Stopka
cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------

End of calculations [$(date)].

-------------------------------------------------------------------------------
EOF

# Konczymy obliczenia, zawartosc katalogu $TMPDIR/output kopiujemy 
# do katalogu z ktorego zakolejkowano zadanie.
mkdir $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR}
cp -r $TMPDIR/* $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR}/

# Czyscimy katalog roboczy
rm -rf $TMPDIR