Orca
Orca
Orca dostępny jest na klastrze Inula
Dostępny jest w wersji:
Name: Orca
Version: 3.0.3
Platform: x86_64
Category: Applications/Scientific
URL https://orcaforum.cec.mpg.de/
Provides: orca
Poniżej znajduje się informacja jak załadować moduł do oprogramowania:
Odnośnik do ładowania modułów
Przykładowy skrypt uruchomieniowy SLURM:
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --mem=4gb
#SBATCH --time=01:00:00
# Ustawiamy sciezki lub ladujemy odpowiednie moduly
module load orca
# Ustawiamy zmienna $TMPDIR
export TMPDIR=$HOME/$SLURM_JOB_ACCOUNT/scratch/$USER/$SLURM_JOB_ID
# Ustawiamy zmienne aplikacji
export SCR=${TMPDIR}
# Ustawiamy zmienne pomocnicze
INPUT_DIR="input"
INPUT_FILE="orca.in"
OUTPUT_DIR="output"
OUTPUT_FILE="OUTPUT"
# Tworzymy katalog tymczasowy
mkdir -p ${TMPDIR}
# Kopiujemy dane wejsciowe do katalogu wskazywanego zmienna $TMPDIR
cp ${SLURM_SUBMIT_DIR}/${INPUT_DIR}/* ${TMPDIR}
# Przechodzimy do katalogu $TMPDIR
cd $TMPDIR
# Wykonujemy obliczenia
orca ${INPUT_FILE} > ${OUTPUT_FILE}
# Stopka
cat << EOF
-------------------------------------------------------------------------------
End of calculations [$(date)].
-------------------------------------------------------------------------------
EOF
# Konczymy obliczenia, zawartosc katalogu $TMPDIR/output kopiujemy
# do katalogu z ktorego zakolejkowano zadanie.
mkdir $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR}
cp -r $TMPDIR/* $SLURM_SUBMIT_DIR/${OUTPUT_DIR}/
# Czyscimy katalog roboczy
rm -rf $TMPDIR
Przykładowy plik z danymi który należy umiescić w katalogu input:
orca.in
! B3LYP def2-SVP Opt
# My first ORCA calculation
*xyz 0 1
O 0.000000000 0.000000000 0.000000000
H 0.000000000 0.759337000 0.596043000
H 0.000000000 -0.759337000 0.596043000
*